La sopravvenuta retrocessione in Serie B comportò per il Napoli, nell'estate 1961, l'addio a giocatori di valore come Bugatti, Posio e Del Vecchio; a sostituirli, tra gli altri, Pierluigi Ronzon il quale disputerà sei stagioni in maglia azzurra, l'ala Amos Mariani, il portiere Walter Pontel e il giovane centrocampista Luigi Simoni. In campionato la formazione campana totalizzò 43 punti, piazzandosi al secondo posto della classifica, alle spalle del Genoa, e ottenendo così l'immediato ritorno in Serie A.
La squadra, inizialmente affidata all'ex centrocampista azzurro Fioravante Baldi, stentò a decollare sicché fu chiamato in panchina la vecchia gloriaBruno Pesaola, il quale non solo condusse il Napoli alla promozione, ma a sorpresa anche alla conquista del primo trofeo nella storia del club, la Coppa Italia vinta nella finale unica di Roma contro la SPAL, squadra allora in Serie A — eguagliando così il Vado nel ristretto novero delle squadre capaci di centrare quest'affermazione pur non militando nella massima categoria —; la squadra del Petisso[1] eliminò dalla competizione l'Alessandria al primo turno (1-1 e 6-5 ai rigori), la Sampdoria in A al secondo turno (7-6 ai rigori dopo lo 0-0 nei tempi regolamentari), il Torino, anche esso in Serie A, agli ottavi per 0-2, la Roma per 0-1 ai quarti e il Mantova (in A) nella semifinale per 2-1, battendo infine gli spallini nella finale dell'Olimpico (2-1).
Miglior marcatore stagionale fu Gianni Corelli il quale realizzò 13 reti, di cui 11 in campionato e 2 in Coppa Italia; buoni i bottini anche di Achille Fraschini, con 10 reti in campionato, e del centrocampista Pierluigi Ronzon, con 9 reti in campionato e 1 — decisiva — nella finale di Coppa.