La stagione 2003-2004 della SPAL inizia all'insegna dell'incertezza e delle difficoltà economiche. Da marzo il proprietario della società Paolo Fabiano Pagliuso è alle prese con una delicata vicenda giudiziaria personale, che in seguito lo vedrà assolto, ed i suoi beni sono sequestrati dalle autorità.
Alla guida della squadra resta Giuliano Sonzogni, che viene esonerato a ottobre dopo otto giornate con i biancazzurri sul fondo della classifica. Il suo posto è preso da Gian Cesare Discepoli, perfetto conoscitore della piazza e molto apprezzato nell'ambiente. Il nuovo tecnico con una serie di risultati positivi porta la squadra alle soglie dei play-off. La società, alle prese con problemi economici, a gennaio deve cedere Marco Aurellio e Gianluca Temelin: il ritorno di Fabio Artico compensa solo parzialmente l'operazione, alla lunga la squadra ne risente uscendo dalla lotta per gli spareggi promozione, piazzandosi al nono posto.