Con il ritorno nel calcio professionistico dopo un solo anno in Serie D, il Perugia cambia la sua denominazione societaria da Associazione Sportiva Dilettantistica Perugia Calcio ad Associazione Calcistica Perugia Calcio.
La stagione 2011-2012 vede la seconda promozione consecutiva dei grifoni – un filotto sino ad allora mai riuscito nella storia dei biancorossi –, che dominano il girone B della Seconda Divisione e approdano in Prima Divisione.[2] Sempre competitivi durante tutto l'arco della stagione, con solo due flessioni a gennaio e all'inizio della primavera, il 25 aprile, grazie alla vittoria ottenuta in trasferta contro il Fano per 3-1 (rete di Balistreri e doppietta di Ferri Marini) gli umbri vincono il girone con il punteggio record di 87 punti, distanziando le dirette inseguitrici Catanzaro e Vigor Lamezia rispettivamente di quattro e sette lunghezze; oltre alla promozione diretta i biancorossi acquisiscono il diritto a disputare la Supercoppa di Seconda Divisione contro la vincente del girone A. Il club perugino chiude il proprio torneo con una media superiore a quella siglata dalla Florentia Viola nel 2002-2003, mettendo inoltre a referto il primato di tredici vittorie esterne (su ventisei totali, record stagionale). Trascinatore della squadra è il bomber e capitano Giampiero Clemente, che con 23 centri è vicecapocannoniere del girone (dietro solo a Giordano Fioretti del Gavorrano).[3] Alla fine del campionato la squadra vanta il terzo migliore attacco del girone B con 65 reti segnate (dietro a Catanzaro e Gavorrano) nonché la seconda migliore difesa (29 gol subiti, come il Catanzaro, e dietro solo alla Vigor Lamezia).[4] Il 20 maggio 2012, a coronamento di una stagione di successi, arriva anche il trionfo nella supercoppa di categoria, dove il Perugia batte nella doppia finale il Treviso, grazie alla vittoria esterna per 2-1 allo stadio Omobono Tenni e all'ininfluente sconfitta casalinga per 0-1.[5] Non altrettanto fortunato è il cammino in Coppa Italia Lega Pro, dove i biancorossi sono eliminati al secondo turno dal Pisa.[6]
Nonostante l'ottima annata sul piano agonistico il club attraversa una rivoluzione sul piano societario: il 12 gennaio 2012, con la squadra prima in classifica, il presidente Roberto Damaschi rimette il mandato assieme a tutto il consiglio di amministrazione.[7] Contestualmente Giovanni Moneti, già socio di minoranza del Perugia, viene nominato nuovo amministratore unico della società, mentre l'altro socio di minoranza Massimiliano Santopadre viene confermato vicepresidente e responsabile del settore giovanile.[8] Il 14 marzo successivo viene ufficializzato il passaggio di proprietà del club, con Moneti e Santopadre che acquistano le quote di Damaschi e diventano azionisti di maggioranza del Perugia al 55%: la carica di amministratore unico passa così a Santopadre, mentre Moneti assume il titolo di consigliere.[9]
In questa stagione il Perugia utilizza divise da gioco Puma, fornite dal distributore umbro Tecnosport. Lo sponsor di maglia è per il secondo anno Liomatic, azienda perugina di distribuzione automatica.
La prima casacca è quella classica, con maglia rossa, pantaloncini bianchi e calzettoni rossi. Ricalca la tradizione anche la seconda divisa, a colori invertiti, con maglia bianca, pantaloncini rossi e calzettoni bianchi. È presente anche una terza muta da trasferta, in completo blu scuro. Nel dicembre del 2011, per sostenere la candidatura congiunta delle città di Perugia e Assisi a capitale europea della cultura (PerugiAssisi 2019), viene ideata una speciale divisa, realizzata direttamente da Tecnosport, che si rifà a quella storica del Perugia dei miracoli, e che reca sulla manica sinistra il logo della candidatura;[10] questa è stata spesso utilizzata come maglia casalinga durante la seconda parte della stagione. Su tutte le casacche, sul lato destro del petto, è cucita la coccarda tricolore di detentori della Coppa Italia di Serie D.
^Ceduto al Poggibonsi durante la sessione invernale di calciomercato.
^Ceduto al Borgo a Buggiano durante la sessione invernale di calciomercato.
^Giornata interamente rimandata al 25 aprile 2012, in segno di lutto per la morte del calciatore Piermario Morosini, avvenuta nel corso della partita di Serie B Pescara-Livorno il 14 aprile 2012.
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