Per la nuova stagione la squadra tarantina viene principalmente riconfermata, così come il tecnico Davide Dionigi. Gli innesti più importanti sono il ritorno di Daniele Sciaudone (già al Taranto dal 2007 al 2009), Carlo Vicedomini, Daniel Bradaschia e Matteo Guazzo.
Nicolás Bremec, portiere del Taranto che ha subito solo 14 reti
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Nel campionato 2011-2012, inserito nel girone A o adriatico della Lega Pro Prima Divisione, il Taranto lotta per la promozione diretta ma nuovi problemi di natura economica minano il cammino dei rossoblù che comunque trascorrono, dopo l'inizio del campionato, due settimane in testa alla classifica. In seguito, il Taranto si vede impegnato in un testa a testa con la Ternana, la quale resta al primo posto per la maggior parte del campionato ed infine conquista la promozione diretta con 65 punti. I problemi finanziari restano e non sempre gli stipendi possono essere pagati in tempo. Malgrado i 7 punti di penalizzazione dati per le inadempienze economiche, i rossoblù concludono al secondo posto con 63 punti ed accedono ai Play-off per la serie B, che perdono a causa della sconfitta con la Pro Vercelli nella doppia semifinale. Il 30 giugno il presidente Vincenzo D'Addario rinuncia a presentare la domanda di iscrizione alla Lega Pro Prima Divisione per il prossimo campionato, sancendo così la fine della società. Il Taranto è costretto a ripartire dalla Serie D.
La prima maglia è la classica divisa con strisce verticali rosso-blu, mentre la seconda è totalmente bianca con strisce laterali rosse e blu. Lo sponsor tecnico sulle maglie viene riconfermato sportika, mentre il main sponsor è d'addario.it.
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