Nella stagione 2006-2007 il Taranto disputa il girone B del campionato di Serie C1, con 56 punti ha ottenuto il 5° posto. Disputa la semifinale del Play-off contro l'Avellino, entrambe le partite sono terminate (1-0) per la squadra di casa, va in finale la squadra irpina perché meglio piazzata in campionato, dove era giunta seconda con 66 punti. Sale direttamente in Serie B il Ravenna che ha vinto il torneo con 69 punti, seguita dall'Avellino che in finale Play-off ha superato il Foggia. La squadra tarantina allenata da Gianfranco Degli Schiavi nel girone di andata ha raccolto 29 punti, con la quarta posizione. Nel girone di ritorno si mantiene costantemente nelle prime cinque posizioni, ma nel momento decisivo a fine maggio, non riesce a centrare la promozione. Due i bomber della stagione rossoazzurra con 9 reti Alessandro Ambrosi e con 8 reti Andrea Deflorio. Nella Coppa Italia Nazionale il Taranto nel primo turno ha superato il Catania, mentre nel secondo turno viene eliminato dal Brescia. Nella Coppa Italia di Serie C entra in gioco nel 1° turno eliminatorio superando la Vibonese, poi nel 2° turno viene estromesso dal Martna Franca.
^abCeduto durante la sessione invernale di calciomercato.
^Acquistato durante la sessione invernale di calciomercato.
^Partita giocata l'11 marzo, per il rinvio della terza giornata, a causa dei gravi fatti di Catania con la morte dell'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
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