Nella stagione 2006-2007 il Modena disputa il campionato di Serie B, con 49 punti ottiene il sedicesimo posto. Salvezza giunta sul traguardo per il Modena, con la vittoria (2-1) sul Frosinone al Braglia. La stagione dei canarini inizia con il tecnico Daniele Zoratto, il girone di andata si chiude con 21 punti in zona Play-out, e allora si cambia allenatore, il testimone passa a Bortolo Mutti, a inizio maggio dopo la sconfitta di Vicenza (2-1) tutto sembra compromesso, nelle ultime cinque partite però il Modena non perde più, anche se pareggia molto, come detto, vince l'ultima con il Frosinone e taglia il traguardo della salvezza. Miglior realizzatore gialloblù Alex Pinardi con 10 reti, delle quali 3 su calcio di rigore. Nella Coppa Italia il Modena supera nel primo turno il Teramo, nel secondo turno elimina il Mantova, lascia il trofeo nel terzo turno perdendo con il Genoa.
^abcCeduto durante la sessione invernale del calciomercato.
^abcdAcquistato durante la sessione invernale del calciomercato.
^Ceduto durante la sessione estiva del calciomercato, a stagione in corso.
^Giornata rinviata al 17 aprile 2007, in segno di lutto e condanna per la morte dell'ispettore di Polizia Filippo Raciti, nel corso dei gravi incidenti di Catania, in coda all'anticipo di campionato del 2 febbraio 2007 Catania-Palermo.
^Giornata rinviata al 1° maggio 2007, per il massiccio impiego di calciatori di Serie B nelle varie nazionali.
calcio
Modena
Daniele Zoratto (1ª-21ª; 23ª)
.svg){kind=small}
Verona
Genoa
Pescara
Lecce
Piacenza
Cesena.svg){kind=small}
Treviso
Vicenza
Napoli
Arezzo
Teramo
