Nella stagione 2006-2007 l'Ancona disputa il girone B del campionato di Serie C1, con 33 punti si piazza in terz'ultima posizione, disputa il Play-out contro il Teramo vincendolo nel doppio confronto, mantenendo così la categoria. Stagione difficile per l'Ancona, partito con buone ambizioni, deve però ben presto abbassarle, chiudendo il girone di andata con 16 punti in terz'ultima posizione, nel girone di ritorno si è ripetuto con un punticino in più. Tre allenatori si sono alternati sulla panchina biancorossa, riuscendo comunque a farla trovare pronta nel momento topico del torneo, a fine maggio con la disputa del Play-out vinto contro il Teramo. Due sono gli attaccanti anconetani che sono arrivati in doppia cifra, il siciliano Emilio Docente autore di 12 reti, più 2 decisive nei Play-out, ed il francese Nassim Mendil con 10 centri. Nella Coppa Italia di Serie C l'Ancona ha disputato il girone G di qualificazione, dove è giunto terzo con 6 punti, alle spalle di San Marino e Foligno.
^Giornata spostata all'11 marzo 2007, in segno di lutto e condanna dei gravi fatti accaduti a Catania il 2 febbraio 2007, nell'anticipo della massima serie Catania-Palermo, dove è morto l'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
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