Nella stagione 2006-2007 dopo un girone di andata condotto costantemente sul filo dei play-out, alla 16ª giornata viene esonerato Marco Rossi e al suo posto arriva Loris Dominissini; la squadra resta comunque nei bassifondi e alla 31ª giornata, con la Pro Patria al quart'ultimo posto in classifica, ritorna in panchina Marco Rossi, con il quale si evitano i Play-out, anche grazie a tre vittorie consecutive nelle ultime tre giornate. In particolare, nella partita contro il Pisa allo "Speroni", la Pro Patria, sotto di due reti dopo mezz'ora, e in dieci uomini, prima pareggia e poi, con un altro espulso per ciascuna squadra, segna altre due reti per un finale di (4-2), foriero di salvezza, che si concretizza poi con altre due vittorie nelle due ultime giornate.[2] Protagonista ancora una volta, della stagione bustocca l'abruzzese Gianluca Temelin, autore di 16 reti in campionato. Nella Coppa Italia di Serie C i Tigrotti sono stati eliminati nel girone A di qualificazione, che ha promosso il Legnano, ottenendo comunque 2 vittorie e 2 pareggi, ma decisivo lo scivolone subito (4-0) a Legnano.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2006-2007 è Legea; sulla maglia, per il quinto e ultimo anno, vi è come sponsor "Ge.S.A." (Gestione Servizi Aziendali).
La prima maglia resta la classica biancoblu, la seconda maglia è completamente rossa.
^Giornata rinviata all'11 marzo 2007, in segno di lutto e condanna dei gravi incidenti accaduti nel dopo-anticipo di Catania-Palermo del 2 febbraio 2007, nei quali ha perso la vita l'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
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