Nella stagione 1969-1970 la Pro Patria disputa il girone A del campionato di Serie C, un torneo a venti squadre, con 34 punti si piazza in tredicesima posizione. Il Novara con 57 punti vince il girone e sale in Serie B, secondo il Lecco con 53 punti. Retrocedono in Serie D il Marzotto di Vadagno, la Trevigliese e la Biellese.
La Pro Patria si trova costretta da esigenze economiche a cedere a squadre di Serie B i pezzi migliori della rosa della scorsa stagione, Michele Solbiati viene ceduto al Como, Luciano Re Cecconi al Foggia, il portiere Romano Cazzaniga viene ceduto al Monza. Per sostituirli vengono messi a disposizione del confermato Mister Carlo Regalia alcuni giocatori di categoria quali Ettore Frigerio, Adriano Nocentini, Sergio Aspesi, Vittorio Panucci, Andrea Verdelli e Giacomo Perego, ma alla fine i conti non tornano e la squadra bustocca scivola sul fondo della classifica. A fine novembre un burrascoso derby in trasferta con il Legnano finito sul campo in parità (1-1) viene assegnato (0-2) dal Giudice Sportivo ai tigrotti, per incidenti dopo un calcio di rigore realizzato da Giorgio Gambazza. Al termine di una stagione complicata si riesce comunque a raggiungere l'obiettivo della salvezza, ma arrivano anche le dimissioni del presidente Enrico Candiani, per un decennio alla guida della società, giustificate da motivi strettamente personali.
^Partita assegnata (0-2) a Tavolino dal Giudice Sportivo, sul campo sospesa dall'arbitro al minuto 86' per incidenti in campo e sulle tribune sul punteggio (1-1).
^Partita rinviata per neve e recuperata il 21 gennaio 1970.
^Partita rinviata per impraticabilità del campo e recuperata il 4 febbraio 1970.
^Partita rinviata per impraticabilità del campo e recuperata il 25 marzo 1970.
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