Nella stagione 1999-2000 la squadra bustocca ha disputato il girone A del campionato di Serie C2, concludendo undicesima in classifica con 39 punti, sono salite in Serie C1 lo Spezia e l'Alessandria. La stagione bustocca inizia con la nomina del nuovo presidente Alberto Armiraglio, il diesse è Piero Ossola, l'allenatore scelto è Mario Belluzzo. Il ricambio è ancora una volta sostanzioso, con tante facce nuove, ma la serenità gestionale, permette ai tigrotti di disputare un tranquillo campionato. L'avvio è soddisfacente, dopo undici partite, a metà novembre, i biancoblù hanno messo insieme 17 punti, al giro di boa ne hanno raccolti 21. Il girone di ritorno non cambia gli equilibri, ed campionato viene chiuso in una solida posizione di metà classifica. Nella Coppa Italia di Serie C la Pro Patria disputa il girone A di qualificazione, che è stato vinto dal Varese.
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