Il Savoia tornava in B dopo oltre 50 anni, mentre per Alzano Virescit e Fermana si trattava dell'esordio assoluto.
La partenza fu fissata per il 29 agosto; dopo due giornate l'Atalanta si ritrovò sola al comando, rimanendovi fino al 31 ottobre quando, cadendo a Monza, subirono il sorpasso dai cugini bresciani. Intanto anche il Vicenza s'inserì nella lotta per la testa della classifica, arrivando a conquistarla il 5 dicembre. A inseguire il trio di testa rimasero Napoli e Sampdoria, che teneva il ritmo di testa nonostante una lunga squalifica del campo (6 giornate, poi ridotte a 4) per le conseguenze dell'incontro casalingo di Coppa Italia contro il Bologna). Il girone di andata si concluse il 16 gennaio, con Vicenza ed Atalanta campioni d'inverno a pari merito, seguite dal Brescia a due lunghezze, dal Napoli a tre e dalla Sampdoria a cinque; negativi i gironi d'andata di Genoa, Empoli e Pescara, ben lontane dagli obiettivi di inizio stagione e coinvolte nella lotta per non retrocedere.
Il 23 gennaio il Vicenza agganciò definitivamente il primo posto; una leggera flessione delle due lombarde, che non ressero più il passo della capolista, lanciarono la Sampdoria, la quale il 5 marzo agganciò i berici al comando. Nella seconda metà del girone di ritorno, il calo dei blucerchiati (2 punti in 7 partite) avvantaggiò le due lombarde in ripresa e, soprattutto, il Napoli che, il 22 aprile, si aggiudicò lo scontro diretto al Ferraris e staccò i liguri, che furono sconfitti anche a Pescara, poche settimane dopo. Fu il Vicenza di Edoardo Reja, grazie al miglior attacco del campionato e a un ottimo rendimento casalingo (16 vittorie, 2 pareggi e una sola sconfitta, contro il Chievo) la prima squadra a conquistare la promozione, archiviando anche la vittoria del campionato. Seguirono, con una giornata di anticipo, il Napoli e, al termine dell'ultima giornata, Atalanta e Brescia.
In fondo alla classifica scesero in Serie C1 con largo anticipo la Fermana e il neopromosso Savoia, al suo primo campionato di Serie B dopo 51 anni, mentre una crisi di risultati condannò alla retrocessione l'Alzano che partita molto bene, a costante ridosso della zona promozione, ebbe un calo di rendimento nel girone di ritorno. Infine, all'ultima giornata, rimasero quart'ultime a pari punti, Pistoiese e Cesena: il doppio spareggio-salvezza diede ragione ai toscani che, penalizzati all'inizio del torneo di quattro punti, furono l'unica squadra proveniente dalla C1 a salvarsi, mentre i romagnoli retrocedettero con 9 sconfitte e 45 gol al passivo (gli stessi del Vicenza campione), ed una differenza reti positiva.
Calcio
Italia
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Brescia
Napoli
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Alzano Virescit
Savoia
Fermana
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Sampdoria
Genoa
Salernitana
Treviso
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Ternana
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Cosenza
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Chievo
Pistoiese[13]
Vicenza, Atalanta, Brescia e Napoli promosse in Serie A 2000-01.
Cesena (dopo spareggio), Alzano Virescit, Savoia e Fermana retrocesse in Serie C1 2000-01.
Vicenza (20)
Brescia (7)
Atalanta (34 gol subiti)
Cesena (21)
Fermana e 
Savoia (21)
Cosenza, 
