Nel campionato 2007-2008 a Busto Arsizio sulla panchina viene riconfermato Marco Rossi. Dopo un girone d'andata chiuso nelle prime posizioni con 26 punti raccolti, poi nella seconda parte del torneo la squadra bustocca perde molte posizioni in classifica, in tutto nel girone di ritorno mette insieme 12 punti, fino a giocarsi la salvezza ai Play-out contro l'Hellas Verona. La partita di andata, si è giocata al Bentegodi di Verona, finisce (1-0) per i padroni di casa con rete dell'ex Morante al 95'. Al ritorno pareggio (1-1) (37' Negrini per la Pro Patria ed al 90' Zeytulaev per il Verona), che sancisce la retrocessione in Serie C2, dopo sei campionati. Non sono bastate le 13 reti della punta Guerrino Gasparello a salvare la baracca.[2] Successivamente ci sarà il cambio di proprietà con la famiglia Vender che lascia dopo nove stagioni e, a fine luglio 2008, la Pro Patria è stata ripescata in Serie C1. Nella Coppa Italia di Serie C i Tigrotti vincono nettamente con quattro vittorie su quattro gare il girone B di qualificazione, poi vengono eliminati nel doppio confronto dei sedicesimi di finale dal Pavia.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2007-2008 è Legea; sulla maglia vi è come sponsor Fogliani Forniture Elettriche. La prima maglia resta la classica biancoblu, la seconda maglia è completamente nera.
^Pro Patria: è finita, su www3.varesenews.it (archiviato dall'url originale il 21 settembre 2013).
^Giornata interamente rinviata al 12 dicembre 2007, dopo la morte di un giovane tifoso laziale, avvenuta l'11 novembre in un autogrill, nel corso di una rissa tra tifosi laziali e juventini.
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