Nella stagione 2006-2007 il Pavia disputa il girone A del campionato di Serie C1, con 26 punti ottiene l'ultimo posto, retrocedendo in Serie C2. A Pavia al termine del girone di andata di questa amara stagione si chiude l'era di Marco Torresani, dopo nove stagioni e tante belle soddisfazioni. La famiglia Calisti, dopo due annate positive, ridimensiona i suoi programmi, dando largo spazio ai giovani, e puntando ad un campionato di assestamento. Dopo una discreta partenza, con una vittoria e tre pareggi, gli azzurri colano a picco, al termine del girone di andata sono ultimi con 14 punti appaiati al Pizzighettone. Lo stop del 23 dicembre (2-0) a Sesto San Giovanni è l'amaro giorno del congedo per Marco Torresani, al suo posto dopo dieci anni ritorna ad allenare a Pavia Massimo Morgia. Ma la squadra pavese è ormai incamminata verso la Serie C2, e nemmeno alcuni innesti dal mercato, hanno potuto evitare la retrocessione. Troppe le 18 sconfitte patite, 7 di queste al Fortunati, insieme alla peggior difesa del torneo con 54 reti subite. Nella Coppa Italia Nazionale il Pavia esce nel primo turno sconfitto pesantemente dal Pescara. Nella Coppa Italia di Serie C gli azzurri negli ottavi perdono il doppio confronto con il Cuneo.
^Giornata spostata all'11 marzo 2007, dopo i gravi fatti di Catania del 2 febbraio 2007, dove l'ispettore di Polizia Filippo Raciti ha perso la vita negli scontri del dopo gara Catania-Palermo.
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