La neopresidente Giusy Achilli, prima donna a ricoprire tale ruolo nel calcio professionistico italiano.[1]
Nella stagione 1988-1989 il Pavia disputa il girone A del campionato di Serie C2, ottenendo con 40 punti il quarto posto in classifica. Il Pavia, declassato a tavolino dalla sentenza definitiva della C.A.F. (sul campo si sarebbe salvato), vuole risalire subito in Serie C1: al vertice c'è ora Giusy Schiavio Achilli, mentre Claudio, "il principe consorte" è costretto a farsi da parte.
Mantenendo l'intelaiatura della stagione precedente, la squadra di Gian Piero Ghio ottiene tre vittorie di fila in trasferta e vola in testa alla classifica, prima dell'arrivo di una crisi con le sconfitte di Tempio e Sarzana e il pareggio interno nel derby con l'Oltrepò; questi risultati negativi costano la panchina al tecnico, che viene sostituito con Nello Santin, ex difensore del Milan, ma i risultati rimarranno instabili. Sul campetto sardo della Maddalena il Pavia subisce un tracollo tennistico (6-2), ciò nonostante in primavera arrivano dodici risultati utili consecutivi che riportano la squadra pavese nell'alta classifica.
Il 16 aprile ad Alessandria il Pavia si gioca le ultime carte relative alla promozione: gli ospiti disputano una partita gagliarda, ma viene beffardamente trafitto da un'autorete di Claudio Gabetta su traversone di Angelo Montrone, così i sogni di gloria sono rimandati alla stagione seguente. Salgono con pieno merito in Serie C1 il Casale e l'Alessandria, mentre la squadra pavese, ormai demotivata, nel finale di torneo viene superata anche dal Siena.
Nella Coppa Italia di Serie C il Pavia vince il proprio girone di qualificazione, eliminando il Derthona, l'Oltrepò e la Vogherese, prima che nei sedicesimi di finale venga estromesso nel doppio confronto dalla Reggiana.
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