Nella stagione 1988-89 il Mantova anche per questa stagione allenato da Mario Corso, ha disputato il girone A del campionato di Serie C1, con 33 punti si è piazzato in nona posizione di classifica, il torneo è stato vinto con 46 punti dalla Reggiana che è salita in Serie B con la Triestina, giunta al secondo posto con 44 punti. Quattro giocatori virgiliani meritano la ribalta per questa stagione, il regista e direttore dell'orchestra virgiliana Andrea Agostinelli, il difensore Raffaele Sergio un piede destro che gioca terzino fluidificante a sinistra, ormai pronto a spiccare il salto in Serie A, passa alla Lazio al termine della stagione, e i due attaccanti, il romagnolo Gianluca Baldini sempre al posto giusto nel momento giusto e autore di otto reti, ed il bresciano Luigi Zerbio con nove reti segnate in campionato in sole 19 presenze, tutti da metà febbraio in poi. Nella Coppa Italia di Serie C il Mantova disputa e vince il girone E, eliminando il Chievo, il Suzzara ed il Trento, poi nello spareggio per accedere agli ottavi, viene eliminato dal Modena nel doppio confronto.
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