Nella stagione 1948-1949 il Pavia viene ammesso alla nuova Serie C, quattro raggruppamenti a livello nazionale della Terza Serie, il Pavia disputa il girone B formato in prevalenza da squadre venete e romagnole. Con 39 punti in classifica si piazza undicesimo. Il torneo che prevede una sola promozione è stato vinto dall'Udinese con 54 punti che sale In Serie B, davanti alla sorpresa Libertas Trieste seconda con 54 punti.
Alla guida dei granata pavesi c'è nella doppia veste di giocatore e allenatore Carlo Alberto Quario, reduce da quattro campionati in Serie A con il Napoli, con l'Ambrosiana e con il Brescia, dopo aver mosso a Pavia i suoi primi passi calcistici. In aggiunta al blocco dei confermati, arrivano Manlio Cipolla dall'Inter, Luciano Alghisi dal Varese, Renzo Gottardo dall'Acqui e Mario De Prati dalla Medese. Nonostante una difficoltosa partenza ed un campionato discontinuo, il Pavia resta sempre ben lontano dal pantano della bassa classifica. Tra le note positive della stagione le 22 reti realizzate in campionato da Manlio Italo Cipolla, le sei vittorie esterne sui campi di Bolzano, Rimini, Rovigo, Centese, Bondenese e Mantova, ed il rotondo (8-0) inflitto al Marzotto nel finale di campionato.
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