Nella stagione 2009-2010 il Lumezzane parte il 6 agosto con il Primo Turno di Coppa Italia, nel quale affronta al Nuovo Stadio Comunale il Fano, sconfiggendolo poi (3-0). Nel Secondo Turno tocca al Gallipoli, che nel mezzo di disordini societari dovuti alla inaspettata promozione in Serie B, presenta una formazione di soli giovani[2] subendo un pesante (6-0). La squadra bresciana avanza quindi al Terzo Turno dove affronta in trasferta l'Ancona, vincendo inaspettatamente (2-3), così come il 26 novembre 2009 nel quarto turno di coppa, dove si impone a Bergamo contro l'Atalanta (0-1)[3]. Il cammino dei rosso-blu di Stefano Menichini nella Coppa Italia si interrompe agli Ottavi di finale il 14 gennaio 2010 allo stadio Friuli contro l'Udinese, che si impone con un classico (2-0). Rimane comunque un'esperienza positiva per il Lumezzane, in quanto rimane il più alto piazzamento mai realizzato nella storia del club in una coppa nazionale, fino al 28 aprile 2010, quando vince il suo primo trofeo[4].
Il cammino nella Coppa Italia di Lega Pro è cominciato il 7 ottobre 2009 con la vittoria (2-1) nel derby contro il Rodengo, che permette il passaggio al Secondo Turno della Fase Finale, dove fa visita visita allo Stadio Carlo Speroni della Pro Patria il 21 ottobre 2009, espugnandolo (0-1). Poi vince il girone D del terzo turno, eliminando Verona e Potenza, nella doppia semifinale supera il Varese, poi nella doppia finale supera il Cosenza. Vincendo così per la prima volta un torneo ufficiale, la 38.ma edizione della Coppa Italia Lega Pro 2009-2010 e portando nella laboriosa Valle Gobbia, posta nel cuore delle Prealpi bresciane, un trofeo del calcio professionistico nazionale.
La buona intelaiatura della squadra valgobbina si conferma anche in campionato che inizia il 23 agosto 2009 contro l'Arezzo. Dopo 8 partite giocate il Lumezzane si trova in quinta posizione a 14 punti, frutto di 4 vittorie, 2 pareggi e 2 sconfitte esterne. Al termine del girone di andata è settimo con 25 punti, nel girone di ritorno raccoglie 27 punti. Con 52 punti il Lumezzane è sesto, prima delle non qualificate ai Play-off. Salgono in Serie B il Novara diretto, ed il Varese che vince i ballottaggi.
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