Lo Stade Olimpique Montpellier (anche se agli albori prese la denominazione di Sport Olimpique Montpellier) fu fondato nel 1919, adottando immediatamente come colori sociali il rosso e il bianco, che erano tra l'altro i colori della città.
Il club vero e proprio nacque però nel 1974 dalla fusione di tre differenti formazioni (l'AS Paillade, il Montpellier Littoral SC e lo SO Montpellier). A partire dal 1974, sotto la guida del presidente Louis Nicollin, la squadra compì una vera e propria ascesa verso la massima divisione, raggiungendola nella stagione 1980-1981. Negli anni ottanta e novanta l'HSC disputò buone stagioni in Ligue 1 grazie a giocatori come Carlos Valderrama, Laurent Blanc ed Éric Cantona. Nella stagione 1990-1991 la squadra fu protagonista in Coppa delle Coppe, dove uscì sconfitta ai quarti di finale dal Manchester United (futuro vincitore), non prima di aver eliminato PSV Eindhoven e Steaua Bucarest.
Il XXI secolo si aprì con la retrocessione della stagione 2002-2003. Prontamente ritornato in Ligue 1, dopo un solo anno di permanenza nella massima serie retrocedette di nuovo in Ligue 2, dove ha militato fino alla stagione 2008-2009, anno della nuova promozione in prima divisione. È stata la sorpresa della stagione 2009-2010, classificandosi da neopromossa al quinto posto, e qualificandosi inoltre all'Europa League. Eliminata ai preliminari della seconda competizione europea per club, disputa nella stagione seguente la finale della Coppa di Lega francese, perdendola a vantaggio dell'Olympique Marsiglia.
Nella stagione 2011-2012 il Montpellier ha vinto il campionato francese per la prima volta nella sua storia, sconfiggendo l'Auxerre (2-1) all'ultima giornata di campionato e chiudendo al 1º posto in classifica davanti al più quotato Paris Saint-Germain. L'annata successiva, invece, si è rivelata piuttosto deludente: la squadra di Renè Girard non è infatti riuscita a difendere il titolo nazionale, concludendo il torneo al 9º posto e non qualificandosi alle coppe europee, mentre in Champions League è arrivata ultima in un girone formato da Arsenal, Schalke 04 e Olympiakos, senza riuscire a vincere neanche una partita; anche nelle coppe nazionali il club non ha avuto fortuna, venendo eliminato ai sedicesimi di finale di Coupe de France (sconfitta per 2-3 contro il Sochaux) e in semifinale di Coupe de la Ligue (sconfitta per 0-2 contro il Rennes).
Nelle quattro stagioni successive sono arrivati, rispettivamente, un 15°, un 7°, un 12º ed un 15º posto in Ligue 1.
L'allenatore ufficiale della prima squadra è oggi l'armeno Michel Der Zakarian, il primo nella storia del club francese, per la sua nazionalità; Il presidente attuale è invece Laurent Nicollin, con questo incarico dal 2017, dopo aver sostituito Louis Nicollin, che era presidente fin dal 1974.
Blu e arancione
Francia
Michel Der Zakarian
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