Nella stagione 2006-2007 il Venezia disputa il girone A del campionato di Serie C1, raccoglie 54 punti con il quarto posto, disputa così la semifinale Play-off contro il Pisa, ma la perde. Sono saliti in Serie B il Grosseto che ha vinto il campionato ed il Pisa che vince i Play-off. La squadra arancioneroverde allenata da Cuono Di Costanzo parte molto bene, al termine del girone di andata è seconda con 30 punti, ad una sola lunghezza dalla sorpresa Sassuolo. Poi nel girone di ritorno perde il passo, raccogliendo solo 24 punti, ma centrando comunque l'obiettivo dei Play-off, presi all'ultimo respiro del torneo, al 94° minuto della partita vinta (1-0) contro il Pisa, nell'ultima giornata. Non facendosi trovare pronta però nel momento decisivo sempre contro il Pisa nei ballottaggi, in laguna pareggia (1-1), mentre sotto la Torre perde (3-1). Miglior realizzatore di stagione con 15 reti il trevigiano Marco Moro, delle quali 1 rete in Coppa Italia, 2 nei Play-off e 12 reti in campionato. Nella Coppa Italia nel primo turno il Venezia elimina il Treviso, mentre nel secondo turno viene eliminata dall'Arezzo, dopo i tempi supplementari. Nella Coppa Italia di Serie C i lagunari entrano in scena nel secondo turno, avendo disputato la Coppa Italia nazionale, ma escono subito, perdendo il doppio confronto con il Carpenedolo.
^Giornata rimandata all'11 marzo 2007, in segno di lutto e di condanna dei gravi fatti accaduti il 2 febbraio 2007 a Catania, nel dopo gara dell'anticipo di Serie A Catania-Palermo, nei quali ha perso la vita l'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
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