La stagione 2006-2007 si è palesata altalenante per la squadra giuliana. Dopo un inizio favorevole, condito dalla qualificazione agli ottavi di finale di Coppa Italia, quindi dopo aver superato i primi tre turni, e da un buon inizio di stagione, la squadra da dicembre in poi ha vissuto un'involuzione di gioco e risultati. Il 2 dicembre, infatti, la squadra alabardata si è ritrovata in zona playoff con 23 punti, dopo la vittoria interna (2-1) in rimonta contro lo Spezia. Da quel momento però, era la quattordicesima giornata, sino al termine del torneo, la Triestina ha raccolto la miseria di 25 punti in 28 gare, riuscendo a salvarsi solo all'ultima giornata grazie al pareggio (1-1) rimediato a Piacenza. In dicembre negli ottavi di finale della Coppa Italia è stata eliminata dalla Roma.
A fine febbraio, dopo la sconfitta (1-3) col Napoli al Rocco, è stato esonerato il tecnico Andrea Agostinelli ed è stato chiamato al suo posto Franco Varrella. Il quale ha dato un'iniziale scossa all'ambiente giuliano con 7 punti raccolti in tre gare, ma di fatto non riuscito a risollevare l'andamento generale degli alabardati. La stagione è stata caratterizzata anche dalla penalizzazione di un punto, inflitto dagli organi federali, per la presentazione ritardata di alcune parti del bilancio.
^Ceduto durante la sessione estiva del calciomercato, a stagione in corso.
^abcCeduto durante la sessione invernale di calciomercato.
^abcdeAcquistato durante la sessione invernale di calciomercato.
^Acquistato durante la sessione estiva del calciomercato, a stagione in corso.
^Trasferitosi al Monza nella stessa sessione di mercato.
^Partita spostata con alcune altre al 1° novembre 2007, per l'impiego di molti tesserati di Serie B con le rispettive nazionali.
^Partita rinviata per impraticabilità del campo e recuperata il 16 gennaio 2007.
^Giornata rinviata al 17 aprile 2007, a causa degli scontri di Catania del 2 febbraio 2007, in cui avvenne l'omicidio di Filippo Raciti, cfr. Follia ultrà: un poliziotto ucciso, su gazzetta.it, 2 febbraio 2007.; l'unica partita disputata il 2 febbraio è stato l'anticipo Cesena-Spezia.
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