Nella stagione 2006-2007 il Südtirol ha disputato il girone A della Serie C2, ottenendo il settimo posto in classifica con 49 punti. Il torneo è stato vinto con 61 punti dal Legnano che ha ottenuto la promozione diretta in Serie C1, la seconda promossa è stata il Lecco che ha vinto i Play-off. Sul finire della precedente stagione il presidente Leopold Goller aveva lasciato la società, complici vari problemi personali e di salute; gli era subentrato alla massima carica sociale il dirigente Werner Seeber, che si trova a fare i conti con una situazione di crescenti ristrettezze finanziarie.
La squadra biancorossa allenata da Aldo Firicano disputa un discreto campionato, buono il girone di andata, vinto dalla Nuorese, chiuso con 28 punti in terza posizione. Meno buono il girone di ritorno, con 21 punti raccolti, dominato dal recupero di Lecco e Legnano, che sono salite di categoria. In casa biancorossa il toscano Davide Carfora con 7 reti è stato il miglior marcatore degli altoatesini. Nella Coppa Italia di Serie C il Sudtirol disputa con poche soddisfazioni il girone C di qualificazione, ottenendo un solo punto, nel girone vinto dalla Virtus Bassano.
Concluso il rapporto con Sportika, il Südtirol inizia a vestire divise Mass. Confermati in blocco gli sponsor Duka, Südtirol ("marchio ombrello" territoriale), Würth e Birra Forst.
La maglia interna è bianca con inserti rossi su risvolti, colletto maniche e fianchi (più ampi e asimmetrici sul lato sinistro); calzoncini bianchi con orlo rosso e calzettoni rossi. La divisa esterna è rossa con piccoli inserti bianchi simmetrici su maniche e fianchi.
^Partita assegnata (3-0) dal Giudice Sportivo, sul campo è terminata (1-3) per il Sudtirol.
^Giornata rinviata e recuperata l'11 marzo 2007, in segno di lutto e condanna per i gravi fatti accaduti a Catania il 2 febbraio 2007, dopo la gara Catania-Palermo anticipo di Serie A, durante i quali ha perso la vita un ispettore di Polizia, Filippo Raciti.
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