Nel 1984 il Museo fu oggetto di lavori di ampliamento resisi necessari in seguito ai nuovi reperti da esporre ad opera dell'architetto Franco Minissi. I percorsi espositivi e didattici furono interamente rinnovati nel 1995. Gli ultimi interventi effettuati a partire dal 1995 lo hanno interamente rinnovato nei percorsi espositivi e negli apparati didattici e didascalici.
Il museo si divide in due piani, nei quali, attraverso reperti ceramici, bronzei e numismatici, si ripercorre la storia di Gela antica e del territorio circostante dall'età preistorica all'età medievale. Contiene circa 4200 reperti cronologicamente distribuiti dalla preistoria all'età medievale, provenienti dai siti limitrofi come Dessueri, Monte Bubbonia, e il sito di Sophiana.
Molto ampie le collezioni relative a Gelagreca con materiali provenienti dall'acropoli, dalla zona di capo Soprano, dall'emporio di Bosco Littorio e dalle necropoli.
Le collezioni Navarra e Nocera costituiscono il nucleo espositivo più antico. La prima, comprende una considerevole quantità di vasi corinzi ed attici a figure nere e a figure rosse. Questi provengono dagli scavi clandestini delle necropoli e collezionati alla fine dell'Ottocento dal barone Giuseppe Navarra.
Statua del tragediografo Eschilo prospiciente il Museo
Tra i vasi attici a figure nere (fine VI, inizi V secolo a.C.) si ritrovano opere attribuite al Pittore di Gela e al Pittore di Eucharides, e molte lekythoi della "classe di Phanillys".