Tra i molti progetti presentati quello forse più praticabile era quello del padre Giovanni Antonelli che prevedeva di risalire la valle dell'Arno fino a Pontassieve, poi il fiume Sieve e valicare le montagne lungo la direttrice Dicomano - Villore (frazione di Vicchio) - Marradi, proseguendo poi tranquillamente lungo la valle del fiume Lamone fino a Faenza.
Il tracciato era abbastanza semplice, sfruttava gli ampi fondovalle tranne che per circa 10~15 km all'altezza del crinale appenninico, ed aveva il vantaggio di porre in comunicazione il comune granducale di Marradi, orograficamente parte della Romagna, con la patria.
Nei dieci anni successivi le discussioni furono animate, ma alla fine le preferenze andarono al tracciato Pistoia-Bologna che, seppur molto più impegnativo nella parte toscana, era più corto e poteva sfruttare la già esistente Ferrovia Maria Antonia. Per avere un collegamento ferroviario diretto tra Firenze e Bologna si sarebbe dovuto aspettare ancora 80 anni.
Nel 1863 venne inaugurata la Porrettana ma l'immenso successo ne dimostrò subito l'inadeguatezza, e le discussioni sui possibili tracciati di una seconda linea transappenninica ripresero vigore, particolarmente dal 1865 con il trasferimento della capitale del Regno d'Italia prima a Firenze, nel 1871 a Roma.
Si fece un'opera di mediazione tra i progetti esistenti, ed altre accese discussioni nacquero riguardo al tracciato dal Mugello a Firenze. Le scelte possibili erano tra un percorso facile e diretto verso Roma via Pontassieve oppure percorso difficile ma favorevole a Firenze via Vaglia.
La linea fu infine finanziata dalla legge Baccarini[2].
Il 9 novembre 1880, mentre ancora la questione dell'avvicinamento a Firenze non era stata risolta, anzi era oggetto di intensi dibattiti parlamentari, cominciarono i lavori da Faenza verso Marradi, che fu raggiunta il 26 agosto 1888.
Intanto, fu finalmente presa una decisione: la ferrovia doveva seguire il percorso diretto verso Firenze. I lavori della tratta Firenze - Borgo San Lorenzo iniziarono nel 1884 e si conclusero l'8 aprile 1890.
Il 31 maggio 1890 si iniziarono anche i lavori della tratta centrale, quella tra Borgo San Lorenzo e Marradi, che sicuramente era la più impegnativa, prevedendo numerose gallerie.
Pur collegando Firenze (via Vaglia) a Bologna con soli 19 km in più rispetto alla Porrettana, la linea presentava migliorie rispetto a quest'ultima: l'altezza di valico era di 578 metri, 100 in meno della Porrettana, la pendenza massima era del 25 per mille, simile all'altra linea ma rilevata su tratte corte ed intervallate, contro le rampe continue tra Pistoia e Pracchia dell'altra linea.
Nonostante ciò la Faentina rimase sempre una linea secondaria, di interesse prettamente locale o di servizio al traffico merci.
Anche durante la prima guerra mondiale, quando il traffico ferroviario raggiunse picchi estremi per la capacità della rete dell'epoca, la Porrettana era interessata da oltre 70 coppie di convogli al giorno, mentre per la Faentina ne operavano solo 60.
L'elettrificazione fu iniziata ma mai completata in quanto inizialmente si preferì concentrare le risorse sull'elettrificazione della Porrettana; successivamente la prospettiva di una prossima apertura della direttissima suggerì di non riprendere i lavori.
Naturalmente l'inaugurazione della direttissimaFirenze - Bologna tolse molta importanza alla linea, riducendone di molto il traffico e ridimensionandone il ruolo.
Intanto non ci si era dimenticati della tratta "perdente" Borgo San Lorenzo - Pontassieve, che avrebbe sicuramente portato benefici alla bassa val di Sieve ed avrebbe favorito il traffico merci da Roma verso la Pianura Padana.
In pratica le polemiche sulla scelta del percorso non si erano mai placate, le comunità locali reclamavano il loro treno ed alla fine tale tratta fu costruita ed inaugurata il 29 giugno 1913.
Per impossibilità tecnica, o per mancanza di volontà, il raccordo con le linee esistenti era fatto a Pontassieve nella sola direzione Firenze, ed a Borgo San Lorenzo sempre nella sola direzione Firenze. In pratica si costruì un "anello ferroviario" nel Mugello utile per il traffico locale, ma i treni merci a lunga percorrenza dovevano effettuare necessariamente un doppio regresso.
Le vicende belliche della seconda guerra mondiale infierirono profondamente sulla linea, prima con i bombardamenti alleati e poi con le distruzioni causate dai nazisti in ritirata.
I danni furono tali, e l'interesse così basso, che la linea fu ripristinata solo il 13 ottobre 1957, con l'esclusione di quasi tutta la tratta Borgo San Lorenzo - Firenze via Vaglia; i binari terminavano a San Piero a Sieve, pochi chilometri dopo Borgo San Lorenzo. Il collegamento della Faentina con Firenze era quindi possibile solo tramite Pontassieve, che però necessitava del regresso a Borgo San Lorenzo, con un ulteriore allungamento dei tempi di percorrenza.
La tratta San Piero a Sieve-Borgo San Lorenzo, riattivata nel 1952, fu comunque chiusa nel 1971[3].
Luglio 2013, Minuetto in arrivo alla stazione di Fiesole Caldine
All'inizio degli anni novanta del XX secolo gli enti locali hanno preteso da TAV S.p.A. il completamento del ripristino della vecchia linea come contropartita al passaggio della linea ad Alta Velocità-Alta Capacità Bologna-Firenze, che per chilometri corre parallela alla vecchia anche se quasi completamente in galleria.
La linea è stata riaperta il 9 gennaio 1999 ma nonostante un certo successo come servizio metropolitano i problemi non sono finiti. Il collegamento diretto con la Stazione di Firenze Santa Maria Novella avrebbe dovuto essere ripristinato nello stesso 1999, ma è stato ritardato di 4 anni. Inoltre era stata garantita l'elettrificazione della linea ma si è scoperto che le opere ricostruite così come quelle progettate ex novo non prevedono l'altezza necessaria per la posa della catenaria.
La linea è perciò utilizzata esclusivamente da automotrici termiche, inizialmente ALn 668 accoppiate in doppia trazione, in gran parte sostituite a partire dal 2007 da Minuetto in versione diesel.
Il 2008 è stato un anno di novità per la Faentina. Con l'entrata in vigore dell'orario del 9 dicembre 2007 è stato attivato anche sulla tratta Faenza-Firenze S.M.N. il Memorario, ovvero l'orario cadenzato con cadenza bioraria, che ha visto l'introduzione di due nuove coppie di corse nei giorni feriali e una nuova coppia nei giorni festivi. Non è più necessario il cambio di treno a Borgo San Lorenzo e tutti i treni arrivano direttamente nella Stazione di Santa Maria Novella, fatta qualche eccezione per alcuni treni di rinforzo nelle ore di punta diretti verso la Stazione di Firenze Campo di Marte. Nel corso degli ultimi anni il servizio è stato ulteriormente potenziato, portando in alcune fasce orarie la cadenza da bioraria a oraria[4].
Il 29 luglio 2012 furono soppresse le fermate di Cercina, Mimmole, Panicaglia, Salviati e Sant'Eufemia di Brisighella, e la stazione di Fontebuona[5]. Nel settembre dello stesso anno i comuni attraversati dalla linea, alcune associazioni e dei privati costituirono il comitato "Gli amici della Faentina - il treno di Dante" con lo scopo di potenziare la linea anche in un ambito turistico[6].
Roberto Montelucci, Progetto di ricostruzione ed esercizio della ferrovia Faentina in regime di concessione, relazione illustrativa, Firenze, 1961.
Piergiorgiorgio Malesani, Roberto Montelucci, La Faentina, arteria veloce Toscana-Romagna e metropolitana fra Firenze e Mugello , Firenze, 1975. Estratto dal Bollettino degli Ingegneri n. 4/1975
Adriano Betti Carboncini, Ferrovia "Faentina" ieri e oggi (prima parte), in "I Treni Oggi" n. 51 (giugno 1985).
Adriano Betti Carboncini, Ferrovia "Faentina" ieri e oggi (seconda parte), in "I Treni Oggi" n. 52 (luglio-agosto 1985).
Maurizio Panconesi Massimo Colliva, Cara Faentina. La linea Faenza - Marradi - Fiesole - Firenze e la sua storia, Bologna, Ponte Nuovo Editrice, 1986.
Adriano Betti Carboncini, Faentina cento anni, Cortona, Calosci, 1993.
Neri Baldi, Faentina in cantiere, in "I Treni" n. 164 (ottobre 1995), pp. 16–17.
Neri Baldi, Bentornata Faentina!, in "I Treni" n. 202 (1999), n. 202, pp. 12–18.
AA. VV., Strada ferrata faentina: cent'anni, a cura del Dopolavoro Ferroviario Faenza, Faenza, Valgimigli, 1993.
Neri Baldi-Alfio Ciabatti Faentina Guida fra storia e natura attraverso l'Appennino,Edizioni Pegaso Firenze, 2013