Nella stagione 1997-1998 la Pro Sesto disputa il girone A del campionato di Serie C2, piazzandosi in undicesima posizione in classifica con 40 punti a pari merito con il Novara. Il torneo è stato vinto con 63 punti dal Varese che ha ottenuto la promozione diretta in Serie C1, la seconda promossa è stata il Cittadella che ha vinto i playoff. Al confermato allenatore Gianfranco Motta viene messa a disposizione una squadra giovanissima, il tecnico è chiamato a compiere un altro miracolo. Al termine del girone di andata i biancocelesti sono intruppati con 19 punti a metà classifica, qualche punto sopra la zona playout. Dopo alcuni mesi senza vittorie, in aprile la Pro Sesto vince in casa (2-0) contro la Cremapergo e la domenica successiva vince (1-2) ad Ospitaletto. Sono le due vittorie tanto attese che rilanciano i sestesi, consentendo loro di raggiungere la salvezza, nonostante un finale di torneo complicato, che prevede nelle ultime tre giornate, scontri con le squadre in lotta per la promozione. Miglior marcatore stagionale è Matteo Beretta autore di 13 reti, 3 in Coppa Italia e 10 in campionato. Discreto il percorso dei biancocelesti nella Coppa Italia di Serie C dove vincono il girone C di qualificazione. Nei sedicesimi superano nel doppio confronto il Como, fermando la propria corsa negli ottavi, eliminati dall'Alzano Virescit.
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