Nella stagione 2000-2001 il Taranto disputa il girone C del campionato di Serie C2, raccoglie 63 punti e sale in Serie C1. Il Taranto prima iscritto al campionato di Serie D e poi promosso d'ufficio dalla Lega, per inadempienze di altre società di Serie C2, vince a sorpresa il campionato, guadagnando così due promozioni, nel giro di una sola stagione agonistica. La stagione è iniziata con il tecnico Sergio Buso, il girone di andata ha visto i rossoblù quarti con 29 punti, a sei punti dal Campobasso capolista, al giro di boa del torneo, viene sostituito Sergio Buso, al suo posto arriva al Taranto Massimo Silva, con lui nel girone di ritorno arrivano 34 punti in 17 partite, primi con due punti di vantaggio sul Campobasso. Dai playoff sale in Serie C1 anche il Sora. Miglior marcatore del Taranto Christian Riganò autore di una rete in Coppa Italia e 14 reti in campionato. Nel Torneo di Coppa Italia di Serie C il Taranto disputa, senza troppe soddisfazioni, il girone Q di qualificazione, vinto dal Catania.
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