La società si fa trovare pronta per un campionato di vertice, buona parte della rosa viene confermata: Raccichini, Dalmazzi, Menna, Sbardella, Vanzan, Fabriani, Martino, Bontà, Candellori, Brenci, Tenkorang, Cogliati, Zammarchi. Il 31 Luglio inizia il ritiro della squadra molisana che viene puntellata grazie al lavoro del duo Mandragora-De Angelis, con l'arrivo degli esperti Vittorio Esposito e Ferdinando Sforzini più una serie di validi under. Nelle prime 5 giornate, i molisani ottengono 13 punti, facendo 14 gol e subendone 1 solo (su rigore), continuando la striscia di 23 risultati positivi iniziata il 27 ottobre 2019.
Nel frattempo dal punto di vista calcistico, la seconda ondata della pandemia rallenta lo svolgimento del campionato.
Dopo lo stop del mese di Novembre per permettere i recuperi dei rinvii e la stimolazione di un nuovo regolamento anti-Covid, il Campobasso torna in campo il 13 dicembre in casa contro l'altra pretendente alla vittoria del campionato, il Notaresco, vincendo per 4-1. La giornata dopo però perde in casa del Castelnuovo Vomano per 2 a 1, interrompendo la striscia di 24 risultati utili consecutivi (iniziata dalla precedente stagione). Il Lupo però continua a mantenere la testa del proprio girone, vincendo anche contro il Rieti il 3 febbraio per 15ª giornata 4 a 1 (la squadra ospite si era portata a ridosso della vetta complice 7 vittorie e 1 un pareggio nelle 8 precedenti giornate). Il periodo più difficile per il Campobasso avviene a Marzo, con due pareggi per 0-0 in casa del Montegiorgio e del Matese (nel mezzo la vittoria nel recupero contro la Recanatese per 1-0 con un gol quasi allo scadere) e la sconfitta in casa contro il Cynthialbalonga per 2 a 1 il 28 marzo per la 6ª di ritorno (non perdeva in casa da Campobasso Montegiorgio del 20 ottobre 2019), con il Notaresco che, con 45 punti e una partita in più da recuperare, si porta a -2.
Il primo aprile, a Notaresco il Campobasso vince per 2 a 1 ed allunga in classifica e, dopo la sosta pasquale, vince in casa 4-0 contro il Castelnuovo, vendicando così la sconfitta dell'andata. La domenica successiva (salta il turno infrasettimanale in casa del Vastogirardi per Covid che verrà recuperato il 26 maggio), il Lupo pareggia in casa con la Vastese, mentre il Notaresco pareggia in zona Cesarini in casa del Matese. Il campionato viene interrotto per permettere la disputa dei recuperi e il 2 maggio vince per 2-1 in casa contro il Pineto per il recupero della 17ª giornata, e tre giorni dopo quest'ultima vince in casa del Notaresco nel recupero della 18ª giornata. Il 9 maggio riprende il campionato con la 28ª giornata, il Campobasso pareggia 0-0 in casa della Recanatese e il Notaresco cade allo Stadio Aragona di Vasto. Nonostante la vittoria degli abruzzesi nel recupero della 22ª contro il Montegiorgio, perdono ancora punti pareggiando contro il Cynthialbalonga 1-1 , mentre il Campobasso vince in casa contro il Tolentino per 3 a 2 (squadra che all'andata aveva inferto al Lupo un sonoro 4-0), con i molisani che ora conducono la classifica a 61 punti con un +5 sulla rivale e, a differenza di quest'ultima che ha disputato tutti i recuperi, con una gara da recuperare. La domenica successiva i molisani vincono in trasferta contro il Giulianova e mercoledì vince a Vastogirardi contro la squadra alto-molisana; con quattro giornata alla fine del campionato, il Lupo conduce con un +8 sul Notaresco.
Dopo la pausa per i recuperi di campionato, il 6 giugno il Lupo pareggia contro l'ultima in classifica Porto Sant'Elpidio 1-1 davanti a 1000 tifosi rossoblu, ma il 13 giugno vince in rimonta allo stadio Manlio Scopigno 2-1 e, complice il pareggio del Notaresco a Recanati con un rocambolesco 4-4, ottiene con due giornate d'anticipo ritorno tra i professionisti dopo 8 anni di dilettantismo e 32 dall'ultimo campionato di terza serie (Serie C1 1988-1989). Termina la stagione con 72 punti, 8 in più del Notaresco, frutto di 21 vittorie, 9 pareggi e 4 sconfitte.
Il fornitore tecnico per la stagione 2020-2021 è Erreà. Gli sponsor di maglia sono Levigas, Molisana Trasporti, UniGross e Two Nil (quest'ultimo sui pantaloncini). La prima maglia è la classica rossoblù, la seconda è bianca con la parte superiore colorata di rossoblù, mentre la terza è arancione con lo stemma sfumato della regione Molise.
^Prevista inizialmente il 1º novembre, è stata rinviata dapprima al 15 novembre, poi al 29 novembre, infine alla data attuale per motivi di sicurezza legati alla pandemia di COVID-19.
^Prevista inizialmente il 10 gennaio è stata rinviata alla data attuale per motivi di sicurezza legati alla pandemia di COVID-19.
^Prevista inizialmente il 17 gennaio è stata rinviata alla data attuale per motivi di sicurezza legati alla pandemia di COVID-19.
^Prevista inizialmente il 14 febbraio, è stata rinviata alla data attuale per neve.
^Prevista inizialmente il 14 aprile, è stata rinviata alla data attuale per motivi di sicurezza legati alla pandemia di COVID-19.
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