La ferrovia Foggia - Manfredonia è una linea pugliese a binario unico, non elettrificata, di importanza regionale. Il servizio viene svolto a spola tra la città di Foggia e quella di Manfredonia: nonostante il numero di centri abitati intermedi sia molto scarso, la ferrovia continua ad avere una buona frequentazione, specie nel periodo estivo, tra le due città estreme.
La linea regionale connette dunque la città portuale di Manfredonia a Foggia e al resto della rete ferroviaria italiana, e viceversa.
Già nel 1834, in una lettera di proprio pugno scritta all'ingegnere parigino Armando Giuseppe Bayard de La Vingtrie, Re Ferdinando II delle Due Sicilie avanzò l'idea di una ferrovia che collegasse Napoli a Manfredonia, all'epoca il più importante porto commerciale sull'Adriatico del Regno delle Due Sicilie, da progettare e realizzare in contemporanea all'altra linea fondamentale prospettata da re Ferdinando II, da Napoli a Nocera (e successivi prolungamenti). La risposta dell'ingegner Bayard fu quella di prendere tempo per un lungo studio, non essendo, per le conoscenze tecniche dell'epoca, impresa facile l'attraversamento dell'appennino tra Campania e Puglia. Si passò quindi subito alla progettazione dell'altra linea suggerita, che fu poi costruita fino a Portici nel 1838, accantonando per il momento quella per Manfredonia per le difficoltà tecniche, nonostante il fiorire di progetti ingegneristici, tra cui quello dell'illustre matematico foggiano Ferdinando De Luca.[1]
Nel 1871 un Consorzio per la costruzione delle ferrovie della Capitanata ripropose l'esecuzione della linea, inserita però ora in un contesto nazionale. La Legge Baccarini del 1879 la inserì tra le ferrovie secondarie da costruire con il contributo del 20 % a carico degli enti locali non ritenendo più essenziale il collegamento con Napoli. Dopo il 1881 la Società per le Strade Ferrate Meridionali ne diede il subappalto per la costruzione che procedette abbastanza a rilento.[2]
La Foggia-Manfredonia venne inaugurata il 12 luglio 1885[3], come diramazione dalla linea Adriatica, subito dopo la stazione di Foggia, in modo tale da unire l'entroterra pugliese con il mare Adriatico e favorire lo scambio di merci con il porto di Manfredonia, anche se il progetto originario prevedeva che la linea attraversasse tutto il Gargano. La ferrovia, che era anche dotata di diverse stazioni lungo il percorso, non tanto perché vi fossero zone abitate ma per i contadini del luogo, ebbe subito un enorme successo sia per le merci che per i passeggeri.
All'inizio degli anni trenta importanti cambiamenti interessarono la linea: la stazione di Manfredonia infatti sorgeva nella periferia della città e per ottenere un miglior collegamento la linea venne prolungata al centro di Manfredonia con una stazione terminale, costituita da un solo binario con marciapiedi, chiamata Manfredonia Città, mentre l'altra fu denominata Manfredonia Campagna: l'inaugurazione avvenne il 1º luglio 1933. Sempre nello stesso giorno venne anche aperto un raccordo che collegava la linea al porto commerciale di Manfredonia, dove vennero stesi i binari e creata una stazione chiamata Manfredonia Marittima. Nello stesso periodo entrarono in funzione anche le littorine Fiat. La breve linea fu duramente colpita tra il 1941 e il 1943 dai bombardamenti alleati nel corso della seconda guerra mondiale e fu ripristinata dopo il 1945 dal comando militare alleato[2]
Durante gli anni settanta venne dismesso il raccordo per Manfredonia Marittima.
Gli anni ottanta furono i più nefasti per la linea: vennero infatti chiuse alcune stazioni scarsamente utilizzate così come fu definitivamente abolito il prolungamento tra Manfredonia Campagna, che riprese il suo vecchio nome e Manfredonia Città, questo perché vi erano troppi problemi legati al traffico cittadino durante il passaggio dei treni, ma anche perché nel frattempo intorno alla stazione di Manfredonia Campagna si era creato un grosso nucleo abitativo e quindi si era spostata verso ovest.
Attualmente il servizio ferroviario è attivo soltanto nella stagione estiva, nelle restanti stagioni sono presenti corse di pullman FS sostitutivi.
L'11 giugno 2017 è stata attivata la fermata di Manfredonia Ovest.
Ad agosto 2021, una modifica apportata al "Piano Attuativo 2021-2027 del Piano regionale dei Trasporti della Regione Puglia", indica che la ferrovia sarà dismessa e sostituita da un sistema di autobus.
La linea è in predicato di trasformazione, con il progetto Treno-Tram. Esso cambierà la denominazione da treno in tram nella zona urbana di Manfredonia. Permetterà così di sfruttare lo stesso mezzo come mezzo di trasporto urbano, con la creazione di nuove fermate all'interno della città (con capolinea la fermata di Piazza Marconi), e la costruzione di un nodo di interscambio denominato "Manfredonia Ovest", con autobus extra-urbani verso le altre località del Gargano e Zapponeta[4][5]. Tuttavia, ad oggi i lavori sono bloccati e incompiuti, a causa dell'esclusione del progetto dal Patto per la Puglia.[6] Ciononostante, la continuazione dei lavori è stata recentemente inclusa tra i progetti inclusi nel Fondo per lo Sviluppo e la Coesione 2014-2020, con un'attribuzione di fondi pari a 50 milioni di euro a settembre 2016, fondi però attualmente risultanti solo su carta.[7]
Ad agosto 2021, con l'aggiornamento del "Piano Attuativo 2021-2027 del Piano regionale dei Trasporti della Regione Puglia", viene annunciato ufficialmente l'abbandono del progetto di Treno-Tram con la conseguente dismissione della linea ferroviaria a favore di un sistema autoviario. Tutto ciò avviene malgrado i vari investimenti già fatti per modernizzare sia l'infrastruttura ferroviaria che le stazioni.
La linea, della lunghezza complessiva di 36 km, venne realizzata a semplice binario e a trazione a vapore. Il percorso era poco impegnativo dal punto di vista altimetrico per cui la massima ascesa venne contenuta entro il 13 per mille. Il solo raccordo terminale per Manfredonia città superava tale valore raggiungendo il 16 per mille. Vennero costruite tre stazioni e tre fermate intermedie prive di segnali e di scambi e dieci passaggi a livello custoditi. Lo scalo di Manfredonia venne dotato di sagoma limite, ponte a bilico da 40 t per la pesatura dei carri e di raccordo a stella per la giratura delle locomotive. Alla fine degli anni cinquanta l'esercizio venne stabilito a Dirigenza unica con gli eventuali incroci e precedenze nelle assuntorie di Amendola, Frattarolo e Manfredonia; questo durò fino alla fine degli anni ottanta quando gli impianti vennero gradualmente impresenziati e l'esercizio svolto a spola.