Partecipano al torneo 2016-17 un totale di 59 squadre provenienti da 47 diverse federazioni affiliate alla UEFA. Il coefficiente UEFA viene utilizzato per determinare il numero di partecipanti per ogni federazione[5]:
Le federazioni alle posizioni di classifica dalla numero 1 alla numero 12 hanno il diritto di iscrizione di due squadre.
Tutte le altre federazioni hanno la facoltà di iscrivere una sola squadra alla fase di qualificazione.
La vincitrice dell'edizione 2015-2016 acquisisce di diritto di iscrizione anche se nella stagione nazionale 2015-2016 non è riuscita a qualificarsi per il torneo. Dato che l'Olympique Lione ha vinto la stagione di Division 1 Féminine 2015-2016, questa regola non si è applicata.
Per l'edizione 2016-2017 della UEFA Women's Champions League, alle squadre sono assegnati posti in base al loro coefficiente all'anno 2014, il quale tiene conto delle loro prestazioni in competizioni europee dalla stagione 2010-2011 a quella 2014-2015[6].
La seguente lista contiene le squadre qualificate per il torneo e che competeranno per l'edizione in corso. Con DT si è indicata la detentrice del titolo, con CN la squadra campione nazionale, con 2ª la seconda classificata[7]. Il Kosovo ha iscritto la squadra campione nazionale per la prima volta dopo essere entrato a far parte della UEFA nel maggio 2016[7]. La squadra faroese del KÍ Klaksvík continua ad essere la squadra che ha partecipato a tutte le edizioni[7].
L'UEFA ha fissato il calendario della competizione e gli abbinamenti che saranno necessari nello svolgersi del torneo nella sua sede di Nyon, Svizzera[2].
Il sorteggio per il turno di qualificazione si è tenuto il 24 giugno 2016[8]. Le 36 squadre che partecipano ai preliminari sono state divise in quattro fasce da nove per il sorteggio in base al coefficiente UEFA del club, il quale tiene conto delle prestazioni nelle competizioni europee dalla stagione 2011–12 alla 2015–16 più il 33% del valore del coefficiente assegnato alla federazione nello stesso intervallo di tempo[9][10]. In ogni gruppo, le squadre giocano una contro l'altra in un mini-torneo all'italiana con le teste di serie preselezionate. Le otto vincitrici dei gironi acquisiscono il diritto di accedere ai sedicesimi di finale.
In caso di parità di punti tra due o più squadre di uno stesso gruppo, le posizioni in classifica verranno determinate prendendo in considerazione, nell'ordine, i seguenti criteri[5]:
maggiore numero di punti negli scontri diretti tra le squadre interessate (classifica avulsa);
migliore differenza reti negli scontri diretti tra le squadre interessate (classifica avulsa);
maggiore numero di reti segnate negli scontri diretti tra le squadre interessate (classifica avulsa);
se, dopo aver applicato i criteri dall'1 al 3, ci sono squadre ancora in parità di punti, i criteri dall'1 al 3 si riapplicano alle sole squadre in questione. Se continua a persistere la parità, si procede con i criteri dal 5 al 9;
migliore differenza reti;
maggiore numero di reti segnate;
calci di rigore se le due squadre sono a parità di punti al termine dell'ultima giornata;
classifica del fair play;
posizione nel ranking UEFA.
N.B.Nella dicitura dei gironi viene indicata in corsivo la squadra ospitante.
Alla fase a eliminazione diretta partecipano 32 squadre, di cui 23 squadre qualificate direttamente ai sedicesimi e le 9 squadre che hanno vinto il proprio girone nel turno preliminare. Le fasce per il sorteggio vengono composte in base al coefficiente UEFA dei club[11]. Nei sedicesimi e negli ottavi di finale non possono essere accoppiate squadre dello stesso Paese. In questa fase le squadre si affrontano in partite di andata e ritorno, eccetto che nella finale.
Il sorteggio degli accoppiamenti per i sedicesimi di finale si è tenuto a Nyon il 1º settembre 2016[12][13]. L'andata si è disputata il 5 e il 6 ottobre 2016, mentre il ritorno si è disputato il 12 e il 13 ottobre 2016[13].
Il sorteggio degli accoppiamenti per gli ottavi di finale si è tenuto a Nyon il 17 ottobre 2016[14]. L'andata si è disputata il 9 e il 10 novembre 2016, mentre il ritorno si è disputato il 16 e il 17 novembre 2016[13].
Il sorteggio degli accoppiamenti per i quarti di finale si è tenuto a Nyon il 25 novembre 2016[15]. L'andata si è disputata il 22 e il 23 marzo 2017, mentre il ritorno si è disputato il 29 e il 30 marzo 2016.
Il sorteggio degli accoppiamenti per le semifinali si è tenuto a Nyon il 25 novembre 2016[15]. L'andata si è disputata il 22 aprile 2017, mentre il ritorno si è disputato il 29 aprile 2017.
Il titolo di capocannoniere del torneo è nuovamente concesso alla giocatrice con il maggior numero di gol segnati nella fase di qualificazione e in quella ad eliminazione diretta.[16]