Ha esordito in massima serie nel 2016-2017. In Coppa del Re ha raggiunto come miglior risultato i sedicesimi di finale nel 2003-2004, eliminato dal Real Madrid, futuro finalista della competizione.
Dal 1987 al 1993 ha militato nella Segunda División B, la terza divisione spagnola, e dal 1993 al 2004 in Segunda División. Nel 1995-1996 e nel 1996-1997 si è piazzato ottavo in seconda serie.
Tornato in Segunda División dopo undici anni (nel 2014), nel 2014-2015 ha concluso al decimo posto e nel 2015-2016 si è piazzato secondo in classifica con 74 punti, uno in meno dell'Alavés capolista, conseguendo così la prima promozione nella Liga della sua storia. La certezza della promozione è giunta il 4 giugno 2016 sul campo del Mirandés.
Il 22 agosto 2016 il Leganés ha debuttato in massima divisione vincendo per 1-0 contro il Celta Vigo al Balaídos.
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Bianco e blu
Leganés
Spagna
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