Nucleotide
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I nucleotidi sono esteri fosforici dei nucleosidi e sono costituiti da tre subunità:
- una base azotata (purina o pirimidina);
- uno zucchero a cinque atomi di carbonio (zucchero pentoso), che insieme alla base azotata costituisce appunto un nucleoside;
- un gruppo fosfato.
I nucleotidi sono i monomeri degli acidi nucleici (DNA e RNA). Il pentoso è o ribosio, nell'RNA, o desossiribosio, nel DNA.
La presenza del residuo fosforico conferisce carattere fortemente acido ai nucleotidi; per questo i loro nomi alternativi sono (le parentesi valgono solo per i desossinucleotidi di cui nell'RNA esiste il corrispondente nucleotide): acido (desossi)adenilico, acido (desossi)guanilico, acido (desossi)citidilico, acido timidilico, acido uridilico.
L'aggiunta di uno o due altri residui fosforici nella catena produce i nucleosidi di- e trifosfato (NDP e NTP), fondamentali nel metabolismo energetico della cellula.
[modifica] Nomenclatura
I nomi dei nucleotidi sono abbreviati in codici standard di tre o quattro lettere. Un'eventuale d iniziale sta per "desossi-", cioè indica che il nucleotide in questione è un desossiribonucleotide, come nel DNA; nel caso di un ribonucleotide semplicemente non c'è la d, come nell'RNA. La seconda lettera indica il nucleoside presente, e precisamente:
- G sta per Guanosina
- A sta per Adenosina
- T sta per Timidina, che non è presente nell'RNA, dove al suo posto c'è l'uridina
- C sta per Citidina
- U sta per Uridina, che non è presente nel DNA e prende il posto della timidina nell'RNA.
La terza lettera indica la lunghezza della catena di gruppi fosfato attaccata al carbonio 5' dello zucchero. Nel DNA e nell'RNA c'è un solo gruppo fosfato per monomero, quindi si utilizza solo il prefisso mono-, abbreviato in M; nella reazione di una DNA o di una RNA polimerasi, invece, ogni desossinucleotide in ingresso nella catena in costruzione è trifosfato, quindi nell'indicarlo si usa il prefisso tri-, abbreviato in T). La quarta lettera indica la presenza di gruppi fosfato (P).
Ad esempio, la desossicitidina monofosfato è abbreviata con dCTP; la d perché è un desossiribonucleotide, la C perché la base azotata contenuta è la citosina, MP perché lo zucchero presente (il desossiribosio) è monofosfato al carbonio 5'.
| Acidi nucleici e oligonucleotidi | ||
|---|---|---|
| Basi azotate | Adenina • Timina • Uracile • Guanina • Citosina • Purina • Pirimidina |
 |
| Nucleosidi | Adenosina • Uridina • Guanosina • Citidina • Deossiadenosina • Timidina • Deossiguanosina • Deossicitidina | |
| Nucleotidi | AMP • UMP • GMP • CMP • ADP • UDP • GDP • CDP • ATP • UTP • GTP • CTP • cAMP • cADPR • cGMP | |
| Deossinucleotidi | dAMP • dTMP • dGMP • dCMP • dADP • dTDP • dGDP • dCDP • dATP • dTTP • dGTP • dCTP | |
| Acidi ribonucleici | RNA • mRNA • tRNA • rRNA • hnRNA • ncRNA • sgRNA • shRNA • siRNA • snRNA • miRNA • piRNA • snoRNA | |
| Acidi nucleici | DNA • mtDNA • cDNA • plasmide • cosmide • BAC • YAC • HAC | |
| Analoghi degli acidi nucleici | GNA • LNA • PNA • TNA • Morfolino | |
