Nucleotide
I nucleotidi sono esteri fosforici dei nucleosidi e sono costituiti da tre subunità:
- una base azotata (purina o pirimidina);
- uno zucchero a cinque atomi di carbonio (zucchero pentoso), che insieme alla base azotata costituisce un nucleoside;
- un gruppo fosfato, che insieme a un nucleoside costituisce appunto un nucleotide.
I nucleotidi sono i monomeri degli acidi nucleici (DNA e RNA).
Lo zucchero pentoso è il ribosio nell'RNA ed il desossiribosio nel DNA.
La presenza del residuo fosforico conferisce carattere fortemente acido ai nucleotidi; per questo i loro nomi alternativi sono acido adenilico, acido guanilico, acido citidilico e acido timidilico. Nell'RNA i desossinucleotidi prendono il nome di acido desossiadenilico, acido desossiguanilico, acido desossicitidilico e acido uridilico.
L'aggiunta di uno o due altri residui fosforici nella catena produce i nucleosidi difosfato e trifosfato (NDP e NTP), fondamentali nel metabolismo energetico della cellula. I più importanti sono ADP e ATP, rispettivamente adenosina difosfato e adenosina trifosfato. Il passaggio da tri- a di- avviene tramite una reazione di idrolisi esoergonica con conseguente liberazione di energia che la cellula può utilizzare per le sue attività.
[modifica] Nomenclatura
I nomi dei nucleotidi sono abbreviati in codici standard di tre o quattro lettere. Un'eventuale "d" iniziale sta per "desossi-", cioè indica che il nucleotide in questione è un desossiribonucleotide, come nel DNA; nel caso di un ribonucleotide semplicemente non è presente la "d", come nell'RNA. La seconda lettera indica il nucleoside presente, e precisamente:
- G sta per guanina
- A sta per adenina
- T sta per timina, che non è presente nell'RNA, al cui posto c'è l'uracile
- C sta per citosina
- U sta per uracile, che non è presente nel DNA e prende il posto della timina nell'RNA
La terza lettera indica la lunghezza della catena di gruppi fosfato attaccata al carbonio 5' dello zucchero. Nel DNA e nell'RNA c'è un solo gruppo fosfato per monomero, quindi si utilizza solo il prefisso mono-, abbreviato in M; nella reazione di una DNA o di una RNA polimerasi, invece, ogni desossinucleotide in ingresso nella catena in costruzione è trifosfato, quindi nell'indicarlo si usa il prefisso tri-, abbreviato in T). La quarta lettera indica la presenza di gruppi fosfato (P).
Ad esempio, la desossicitidina 5'-monofosfato è abbreviata con dCMP; la d perché è un desossiribonucleotide, la C perché la base azotata contenuta è la citosina, "MP" perché lo zucchero presente (il desossiribosio) è monofosfato al carbonio 5'.
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