Laureato in ingegneria, Mikkola sin da ragazzo ambisce a diventare pilota di rally. Suo padre è amico di Osmo Kalpala, pilota di vertice negli anni '50, e nel 1958 Mikkola fa la sua conoscenza, cosa che lo spinge definitivamente a tentare la carriera di pilota.
Comincia correre privatamente nel campionato nazionale finlandese nel 1963.
Alla fine del 1965 Leo Yoki, uomo d'affari finlandese e grande mecenate di vari piloti finnici, decide di aiutarlo trovandogli degli sponsor e facendolo assumere come pilota della Volvo Finland. Nel 1966 Mikkola vince due rally nazionali in cui batte due noti piloti come Timo Makinen e Rauno Aaltonen.
Cesare Fiorio, capo della squadra Lancia HF, affida a Mikkola una macchina per il rally di Montecarlo 1967. Il finlandese si batte bene trovandosi al 7º posto assoluto prima dell'ultima prova sul Turini, ma lo smarrimento della tabella di marcia fa scattare la squalifica.
Nel 1968 vince il Campionato Finlandese, arriva 2º all'Alpenfahrt con una Lancia e si fa notare con una buona prestazione all'Acropolis con una Volvo. I vertici della Ford lo ingaggiano, e Mikkola con una Escort vince la prestigiosa gara di casa, il rally dei 1000 Laghi, gara in cui trionferà per ben sette volte (1968-1969-1970-1974 con la Ford, 1975 con la Toyota e 1982-1983 con l'Audi), un record eguagliato solo da Marcus Gronholm.
Nel 1969 vince all'Alpenfahrt. Nel 1970 è 1º all'Arctic rally e trionfa alla massacrante maratona Londra-Mexico con una Ford Escort, una delle gare più lunghe di tutta la storia delle corse automobilistiche.
Nel 1972, sempre con la Ford Escort, diventa il primo europeo a vincere il Safari rally.
Nel 1975, oltre alla vittoria al 1000 Laghi con la Toyota, corre alcune gare con la squadra FIAT (2º a Montecarlo e in Portogallo in coppia con Jean Todt) e vince in Marocco con la Peugeot (sempre con Todt).
Nel 1978 torna alla vittoria in gare iridate col trionfo al RAC sull'Escort RS e perde in Portogallo negli ultimi chilometri dopo una famosa lotta con Markku Alén.
Nel 1979 viene istituito il Campionato Mondiale rally Piloti, e Mikkola vince 4 gare: in Portogallo, in Nuova Zelanda e al RAC con la Ford, e poi in Costa d'Avorio con la Mercedes (con cui è anche 2º al Safari), ma il titolo gli sfugge per un solo punto a vantaggio di Björn Waldegård.
Nel 1980, correndo sempre con Ford e Mercedes, non vince nessun rally ma è di nuovo 2º in Campionato dietro a Walter Röhrl.
Sempre nel 1980 diventa collaudatore dell'Audi, che nel 1981 fa debuttare la prima macchina a trazione integrale nella storia dei rally, la "Quattro". Hannu Mikkola ricopre un ruolo fondamentale nello sviluppo dell'Audi Quattro.
Porta la prima vittoria alla casa tedesca nel 1981 al rally di Svezia, ripetendosi al RAC e giungendo 3º nel Mondiale. La stagione successiva arriva nuovamente terzo nel mondiale piloti, con 2 vittorie (1000 Laghi e RAC) e 2 secondi posti, dietro alla sorprendente Michèle Mouton che per poco non vince il mondiale ai danni di Walter Röhrl.
Nel 1983 grazie ai 7 podi di cui 4 vittorie (Svezia, Portogallo, Argentina e 1000 Laghi) Mikkola si aggiudica il Mondiale Piloti, anche se l'Audi perde per soli 2 punti la classifica costruttori vinta dalla Lancia 037. L'anno successivo ottiene 8 podi, con una vittoria in Portogallo. Il Mondiale va al compagno Stig Blomqvist con 125 punti, 21 in più di Mikkola, 2º.
L'ultima vittoria prima del ritiro, avvenuto nel 1993, è al Safari del 1987 con l'Audi 200 Quattro.
Dopo aver avuto diversi copiloti nella prima parte della carriera (fra cui il futuro direttore della Scuderia FerrariJean Todt), dal 1978 ha gareggiato regolarmente in coppia con Arne Hertz.
Da quando fu istituito il Campionato Mondiale Marche (1973), Mikkola ha ottenuto 18 vittorie iridate.
È scomparso nel 2021 all'età di 78 anni a seguito di un tumore[2].