Attualmente (2014) la gestione dell'infrastruttura ferroviaria è di competenza delle Slovenske železnice (Ferrovie slovene, SZ) per quanto riguarda la sezione in territorio sloveno e di Rete Ferroviaria Italiana (RFI) per quella italiana.
Da aprile 2014 il tratto fra la stazione di Trieste Campo Marzio e la stazione di Villa Opicina è stato dichiarato inutilizzabile a causa di alcuni cedimenti nelle gallerie.[1] In data 25 giugno 2014 la presidente del porto di Trieste ha inviato a RFI una lettera in cui si chiedeva il ripristino della linea che sarebbe utile in caso di emergenza e poiché l'Italia ha firmato degli accordi che la costringono a tenere sempre uno sbocco via ferro verso l'Europa.[2] Il 1º marzo 2020, dopo importanti lavori la linea è stata riattivata.[3]
La linea origina dalla stazione di Trieste Campo Marzio, già Trieste Sant'Andrea della linea per Erpelle e Cosina (Hrpelje-Kozina), e dopo un percorso in salita del 25 - 27 per mille raggiunge la stazione di Villa Opicina (Opčine, in sloveno). Dopo quest'impianto, il tracciato originario della linea sovrappassava il vecchio tracciato originario della Meridionale per poi dirigersi verso Monrupino (Repentabor) e San Daniele del Carso (Štanjel). Con l'unificazione del valico effettuato negli anni sessanta dalle Ferrovie dello Stato (FS), la ferrovia Meridionale utilizza la stessa stazione della Transalpina: da quel periodo la linea originaria sovrappassa il raccordo che porta all'autoporto di Fernetti. Nel 1948, le ferrovie Jugoslave hanno costruito una variante interna al proprio territorio che collega Sesana (Sežana) a Duttogliano (Dutovlje), evitando la stazione di Monrupino; il tracciato originario (via Monrupino) è rimasto attivo, ma oggi impiegato solo in rare occasioni.
Da San Daniele del Carso, la linea ridiscende in forte discesa al 27 per mille la Valle del Vipacco (Vipavska dolina), raggiungendo la stazione di Nova Gorica. Questa fu dotata dall'origine di attrezzati impianti ferroviari come lo scalo merci e un deposito locomotive.
Da Nova Gorica la linea risale l'Isonzo (Soča) superandolo grazie al famoso ponte di Salcano (Solkanski most). Quindi si inerpica in lieve salita, dove si raggiunge una pendenza massima del 9 per mille, in direzione Tolmino (Tolmin) e Santa Lucia (Most na Soči). Si addentra successivamente nella valle del Baccia (Baška grapa), con un percorso in forte ascesa con pendenze del 25 - 26 per mille, fino a incontrare la galleria di Piedicolle (Podbrdo) - che era denominata Wochein, in tedesco, e Bohinj, in sloveno - con la quale viene valicato lo spartiacque alpino.
All'uscita in direzione nord del traforo si incontra la stazione di Bohinjska Bistrica (Woicheiner Feistritz in tedesco). Da qui inizia una lieve discesa con successiva salita verso Bled (Veldes in tedesco) e il culmine di Dobrava (Vintgar) dal quale inizia la discesa per giungere a Jesenice (Assling).
La costruzione della Transalpina fu approvata per legge il 6 giugno 1901 e i lavori furono avviati nelle settimane seguenti. La linea Jesenice-Trieste fu inaugurata alla presenza dell'erede al trono austroungarico Arciduca Francesco Ferdinando il 19 luglio 1906[5]
Durante il primo conflitto mondiale la linea subì gravi danni a causa della vicinanza del fronte, in particolare nella zona di Gorizia.
Come conseguenza dei trattati di trattato di Saint Germain (1919) e di Rapallo (1920), la linea fu divisa fra l'Italia e la Jugoslavia e il confine fu stabilito presso la galleria di Piedicolle. L'evento penalizzò la linea che in breve tempo perse importanza e vide declinare il traffico.
Dopo la seconda guerra mondiale e il Trattato di Parigi (1947) il valico di confine fu spostato presso Monrupino (in sloveno Repentabor). Finì quindi sotto il controllo jugoslavo il tronco tra Piedicolle e la stazione di Monrupino. Per garantire a Nova Gorica un collegamento ferroviario che fosse posto all'interno del territorio nazionale, le ferrovie jugoslave costruirono nel 1948 un breve tronco fra Sesana (Sezana), sulla ferrovia Meridionale, e Crepegliano (Kreplje), dove venne attrezzato un nuovo bivio ed una fermata per i viaggiatori.
La galleria di Piedicolle, lunga 6.339 m, venne realizzata a doppio binario; danneggiata alla fine del secondo conflitto mondiale, fu ripristinata con lunghezza leggermente inferiore (6.327 m) e a semplice binario, pur mantenendo la sagoma per il doppio[9][10]. Nel lato nord, lungo quella che doveva essere la sede del secondo binario, è stato ricavato un canale per il drenaggio delle acque che allagano il tunnel in occasione del disgelo o di forti precipitazioni. L'afflusso dell'acqua può essere così elevato da coprire completamente il binario, bloccando anche la circolazione.
^La presenza del doppio binario nella galleria di Piedicolle prima della seconda guerra mondiale è documentata su una cartina FS allegata all'articolo di Guido CorbelliniLa scelta del sistema di trazione elettrica nella ricostruzione delle F.S., pubblicato sul numero 7-8/1947 di Ingegneria Ferroviaria.
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