Nella stagione di guerra 1943-1944 il Pavia ha disputato il girone F di Serie C Lombardia, con 17 punti ha vinto il girone davanti al Codogno con 12 punti, nel girone di semifinale con 7 punti ha ottenuto la qualificazione al girone finale dove si è piazzata al quinto posto con 6 punti, il girone di finale è stato vinto dal Legnano con 13 punti davanti al Lecco con 11 punti.
Nel 1944 l'evolversi del conflitto costringe a svolgere l'attività calcistica solo a carattere regionale e non ufficiale. Il Pavia prende parte ad un torneo lombardo di Serie C nel quale recita un ruolo da protagonista. Nel sodalizio azzurro che tiene sede al Caffè Rinascenza di Strada Nuova compare in veste di segretario Pietro Fortunati che per tre lustri sarà il suo dirigente più rappresentativo. Il Pavia allenato dal Dott. Azzoni si avvale di rinforzi di rilievo essendo il calcio ufficiale fermo, quali i difensori Mario Acerbi dalla Roma e Battista Andreoni dall'Atalanta, gli attaccanti Mario Trezzi dal Milan, Francesco Alberti dal Brescia e Antonio Vismara dal Liguria ed infine il centrocampista Giovanni Braga dalla Redaelli. Inoltre nelle partite del girone di finale possono allineare l'ex nazionale Sergio Marchi del Genoa. I bombardamenti aerei sulle città del Nord aggravano la situazione ed il CONI si vede costretto in Agosto a sospendere qualsiasi attività sportiva quando mancava una sola giornata alla conclusione del girone finale.
^Torneo misto di guerra 1943-1944 organizzato dal Direttorio II Zona (Lombardia) a cui erano ammesse squadre di Serie C, Prima e Seconda Divisione regionale. Il torneo (non era un campionato e non attribuiva alcun titolo regionale) fu sospeso alla quarta giornata di ritorno del girone di finale dal Ministero della Cultura Popolare di Roma (Min.Cul.Pop.) a causa di ripetuti bombardamenti nel nord Italia e Lombardia.
^Partita in seguito assegnata (2-0) a tavolino su delibera del Giudice Sportivo per posizione irregolare del calciatore Carlo Annovazzi. Sul campo era terminata sul punteggio di (2-2).
^Disputato sul campo neutro di Sesto San Giovanni.
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