Nella stagione 2008-2009 il Pavia disputa il girone A del campionato di Seconda Divisione, raccoglie 40 punti con l'undicesimo posto. Salgono in Prima Divisione il Varese che ha vinto il torneo ed il Como che ha vinto i Play-off. Il Pavia non parte bene, nelle prime nove giornate ottiene una sola vittoria, poi si riprende. Ma in primavera arriva una tegola imprevista, gli azzurri sono costretti a scontare un -5 in classifica, per la posizione irregolare del giocatore Michele Menicozzo, arrivato in estate dall'Alghero, che avrebbe dovuto scontare un turno di squalifica dalla stagione precedente, ma mai scontato. Così la squadra pavese che aveva un rassicurante +9 sulla zona Play-out a sette giornate dal termine, è venuta a trovarsi invischiata nella zona salvezza. La squadra di Amedeo Mangone ha comunque portato a termine il torneo senza troppi patemi, con 4 punti sulla zona Play-out. Il calabrese Benito Carbone con 13 reti è stato il miglior marcatore pavese in questa stagione. Nella Coppa Italia di Lega Pro il Pavia ha disputato il girone B di qualificazione, che ha promosso il Como.
^Partita rinviata per il ghiaccio e recuperata il 7 febbraio 2009.
^Partita conclusa sullo (0-0) ma poi assegnata (0-3) dal Giudice Sportivo, per la posizione irregolare del calciatore pavese Menicozzo, in seguito il Pavia verrà penalizzato di 5 punti.
^Partita rinviata per neve e recuperata il 18 febbraio 2009.
calcio
Pavia
Amedeo Mangone
Pizzighettone
Carpenedolo
Rodengo Saiano
Como
Alghero
Varese
Valenzana
Ivrea
Pro Patria.svg){kind=small}
Solbiatese