Il club è stato fondato il 3 maggio 1903 con il nome di Heracles, nome del semidio nato da Zeus e Alcmena. Ha cambiato nome in SC Heracles '74 il 1º luglio 1974 e nel 1998 ha assunto la denominazione attuale. La squadra ha vinto il campionato nazionale nel 1927 e nel 1941.
Uno dei giocatori più famosi che hanno militato nella compagine è il sudafricanoSteve Mokone, il primo giocatore di colore ad avere militato in un campionato dei Paesi Bassi.
Nella stagione 2004-2005 l'Heracles ha vinto la Eerste Divisie, la seconda divisione. Alla fine della stagione 2005-2006 si è classificato al tredicesimo posto, mentre al termine del campionato 2006-2007 si è classificato al quattordicesimo posto.
Nella stagione 2008-2009 conclude al 15º posto, che gli permette la permanenza in Eredivisie.
L'8 aprile 2012 è sconfitto per 3-0 dal PSV nella finale della coppa nazionale.
Il 14 agosto 2016 la squadra batte 3-1 il Willem II in una partita che passa alla storia per essere la prima ed unica in cui lo stesso giocatore sbaglia due rigori nel giro di 60 secondi. Si tratta di Paul Gladon, che prima segna una doppietta (al 56º e al 63º minuto) e poi fallisce due penalty tra l’88º e l’89º.
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Bianco, nero
Paesi Bassi
Frank Wormuth
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