Dalla stagione 1998 è passato a gareggiare in classe 250; nel primo anno ha corso nuovamente e solamente il GP di casa utilizzando una Honda, nella stessa annata ha vinto il campionato tedesco e il campionato Europeo Velocità.[1] Dal 1999 ha invece partecipato all'intera stagione ed è restato poi in questa categoria fino al termine del motomondiale 2001, ottenendo come miglior risultato finale un 12º posto nell'ultima presenza alla guida di una Aprilia.
Nel 2006 ha corso invece con il team Pramac d'Antín MotoGP in sella ad una Ducati Desmosedici con compagno di squadra José Luis Cardoso. Nel corso di questa stagione, dopo lo spaventoso incidente alla prima curva del circuito di Catalunya causato da Sete Gibernau, che provocò l'infortunio dello stesso e di Loris Capirossi, il team ufficiale Ducati Marlboro, grazie alla disponibilità del Pramac d'Antin MotoGP, fece correre i GP di Assen e di Donington ad Alex Hofmann, che raccolse un dodicesimo ed un tredicesimo posto. Successivamente, a causa del riacutizzarsi del problema alla clavicola della spalla sinistra dello spagnolo, il pilota tedesco è ritornato in sella alla Ducati ufficiale per il GP della Repubblica Ceca collezionando un sedicesimo posto appena al di fuori della zona punti.[2] Nel 2007 è stato riconfermato nello stesso team ma con un compagno di squadra diverso, il brasiliano Alex Barros.