La più importante novità regolamentare vede l'assegnazione, limitatamente alla prima divisione, di tre punti per ogni squadra che vince un match[1][3][4].
Il torneo prese il via il 15 settembre 1988 con la prima giornata della seconda divisione, mentre le gare del primo raggruppamento iniziarono otto giorni dopo[1][5]: dopo una settimana, il Nissan Motors pose fine al lungo periodo di imbattibilità dei campioni in carica dello Yamaha Motors[5] e prese definitivamente il comando della classifica. Di lì sino all'ultima giornata del girone di andata (giocata il 27 novembre), il Nissan Motors riuscì a mantenne il punteggio pieno ritrovandosi al giro di boa con dieci punti di vantaggio sul Fujita[4].
Con l'inizio del girone di ritorno il Nissan Motors iniziò a rallentare, mentre tra le inseguitrici emerse prepotentemente lo Yamaha Motors, che dopo aver inflitto la prima sconfitta stagionale alla capolista[1] ridusse progressivamente il proprio svantaggio sino ad arrivare, a tre gare dal termine, a -3 dalla vetta[4][5]. In quel frangente, tuttavia, i campioni in carica accusarono una battuta d'arresto perdendo due delle tre gare rimanenti[5] spianando la strada al Nissan Motors verso il suo primo titolo (che arrivò, matematicamente, alla penultima giornata grazie alla vittoria per 1-0 sull'Honda Motor[4][5]) e permettendo un sorpasso in extremis da parte del neopromosso All Nippon Airways. La lotta per non retrocedere vide coinvolte alcune protagoniste di quegli anni: se il NKK ottenne solo una risicata salvezza sorpassando alla terzultima giornata il Sumitomo Metals (a cui non servì un aggancio in extremis a causa della peggior differenza reti nei confronti dei rivali[1]), non ci fu nulla da fare per il titolato Mitsubishi Heavy Industries che, dopo aver passato gran parte del girone di andata in fondo alla classifica, effettuò un disperato tentativo di rimonta che non le impedì di incappare con una gara di anticipo, nella prima retrocessione della sua storia[5].
Il secondo raggruppamento vide Toshiba e Hitachi vincere il girone finale riservato alla promozione[1][5] a scapito del favorito Mazda, che concluse solo al quinto posto. Caddero nelle leghe regionali il Fujieda e il NTT Kansai, piazzatesi ultime con largo anticipo nei rispettivi gironi[1][6]
Division 1
Nel primo raggruppamento sono state segnate 292 reti, per una media di 2,21 marcature ad incontro[4]. Di seguito viene riportata la classifica dei marcatori[4]:
Division 2
Nelle due fasi in cui si è svolto il secondo raggruppamento sono state segnate 576 reti (di cui 10 nei playoff finali). Di seguito è riportata la classifica dei cannonieri.
Calcio
Giappone
Nissan Motors
Toshiba
Hitachi
Sumitomo Metals (D1)
Mitsubishi HI (D1)
Fujieda City Hall (D2)
NTT Kansai (D2)
Adílson (11, D1)
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Cosmo Oil
Sconosciuto
Fujitsu
Kawasaki Steel
Kofu Club
Mazda
Nippon Steel
NTT Kanto
Tanabe Pharma
Teijin
Toho Titanium
.png){kind=small}
Toyota Motors
ANA
Yamaha Motors
Fujita
Yomiuri
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Furukawa Electric
Matsushita Electric
Yanmar Diesel
Honda Motor
NKK
