Il club venne fondato nel 1936 con il nome di Gimnástica Burgalesa, modificato dodici anni più tardi in Burgos Club de Fútbol.
Nel 1983 la società fallì a causa di seri problemi economici: la squadra riserve di allora, il Burgos Promesas (fondato nel 1973) cambiò quindi nome in Real Burgos CF sostituendo di fatto la precedente.
Questa continuò fino al termine della stagione 1993-1994, quando sospese l'attività per un anno, riprendendo nel 1995-1996, ultima stagione prima di cessare l'attività rimanendo inattiva.
Nel frattempo nel 1994 venne fondato il Burgos Club de Fútbol, un altro club cittadino con il nome del precedente fallito nel 1983.
1982-83 3º nel Gruppo I di Segunda División B. Retrocesso in Tercera División per motivi economici. A seguito dell’ennesima retrocessione per motivi amministrativi, la squadra cessa di esistere al termine della stagione.
A seguito del fallimento del Burgos Club de Fútbol, e la contemporanea promozione in Tercera División da parte della squadra filiale, nel 1983 nasce il Real Burgos Club Fútbol che di fatto rappresenta una nuova società calcistica della città di Burgos.
^abcdefgCampionato diviso in gironi: le squadre meglio posizionate concludono con un girone di play-off. La vincitrice di questo è campione della Segunda División.
^Dal 1951 al 1968 i vincitori dei propri gironi vengono considerati campioni di categoria e non partecipano ai playoff con le altre squadre di Segunda División. Il primo nominato è il vincitore del girone A, il secondo del girone B.
^Non ottiene la promozione in quanto squadra B del Real Madrid.
^Vincitori dei gironi delle qualificate alla fase valida per la promozione.
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