Agarosio

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Esempio di impiego del gel di agarosio: il gel viene qui utilizzato in una camera elettroforetica orizzontale per la separazione di biomolecole.

L'agarosio è un polimero polisaccaride purificato dall'agar-agar, una sostanza gelatinosa estratta solitamente dalle Rhodophyta.[1]È un polimero lineare la cui unità fondamentale è l'agarobiosio - un disaccaride composto da (1,3)-β-D-galattopiranosio-(1,4)-3,6-anidro-α-L-galattopiranosio. I due monosaccaridi sono uniti tra loro da legame glicosidico. L'agarosio è uno dei due componenti principali dell'agar, ed è ottenuto purificando l'agar dal suo secondo componente, l'agaropectina. [2]

L'agarosio è comunemente acquistabile sotto forma di polvere bianca che si dissolve in acqua bollente e viene comunemente usato in biologia molecolare per la separazione di grandi molecole, tra cui ad esempio il DNA, tramite elettroforesi.

Struttura[modifica | modifica wikitesto]

L'agarosio è un polimero lineare la cui massa molecolare si aggira attorno ai 120.000. L'unità fondamentale dell'agarosio è l'agarobiosio, ossia un dimero saccaridico costituito da D-galattosio e 3,6-anidro-L-galattopiranosio uniti da legame glicosidico α-(1→3) e β-(1→4).

Struttura dell'unità fondamentale dell'agarosio

Ogni molecola di agarosio contiene circa 800 molecole di galattosio; la catena polimerica di agarosio forma fibre elicoidali che si aggregano in strutture superavvolte con un raggio di circa 20/30nm.[3] Le fibre sono semi rigide e variano ampiamente di lunghezza in base alla concentrazione di agarosio.[4]

La struttura tridimensionale dell'agarosio è mantenuta tale tramite la formazione di legami H; di conseguenza scaldando il gel, esso torna allo stato liquido.

Applicazioni[modifica | modifica wikitesto]

Il risultato di una separazione elettroforetica di acidi nucleici è spesso evidenziato da intercalanti che emettono radiazioni visibili se eccitati da raggi UV.

L'agarosio è un'ottima matrice per il lavoro con proteine e acidi nucleici grazie alle sue proprietà fisiche e chimiche, oltre che alla sua stabilità termica. Ha un basso grado di complessità molecolare e di conseguenza è improbabile che interagisca con altre biomolecole.

L'impiego più comune del gel di agarosio è quello di fungere da supporto durante la separazione elettroforetica: nel gel di agarosio purificato vengono creati dei pozzetti, all'interno dei quali si "caricano" i campioni di interesse. Il gel presenta dei pori relativamente grandi e questa proprietà permette a biomolecole - tra cui frammenti di DNA con >100 paia di basi e complessi proteici di peso >200kDa - di essere separate in esso in base alle loro dimensioni. Infatti, molecole di dimensioni minori migrano verso la base del gel più velocemente delle molecole di dimensioni maggiori.

Note[modifica | modifica wikitesto]

  1. ^ Martin Chaplin, Agar, su web.archive.org. URL consultato l'11 febbraio 2017 (archiviato dall'url originale il 16 ottobre 2007).
  2. ^ 3. AGAR, su www.fao.org. URL consultato l'11 febbraio 2017.
  3. ^ CHAPTER 1 - PRODUCTION, PROPERTIES AND USES OF AGAR, su www.fao.org. URL consultato l'11 febbraio 2017.
  4. ^ Tom Maniatis, E. F. Fritsch e Joseph Sambrook, Chapter 5, protocol 1, in Molecular Cloning - A Laboratory Manual, vol. 1, p. 5.4, ISBN 978-0-87969-136-3.

Voci correlate[modifica | modifica wikitesto]

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