Il club è nato nel 1996 dalla fusione di due squadre amatoriali della città, il Rodina e il Novator. Entrò di diritto nel campionato amatoriale russo. Su 150 squadre che ambivano alla promozione solo una poteva essere promossa in terza divisione. Il Chimki riuscì nell'impresa battendo in finale l'Energia Ulyanovsk ai calci di rigore.
Il 30 gennaio 1997 l'FC Chimki divenne una squadra professionistica. Sempre in quell'anno la squadra finì seconda e venne promossa in seconda divisione.
Il Chimki fu promosso in prima divisione (la Serie B russa) nel 2000. In quell'anno la squadra finì al primo posto nel girone Centrale della seconda divisione, ma perse lo spareggio promozione contro lo Severstal' Čerepovec per la regola dei gol fuori casa. Ma lo Severstal Cherepovets rifiutò di andare a giocare nella categoria superiore, perciò fu promosso di diritto in prima divisione l'FC Chimki.
L'unica prestazione degna di nota della squadra è stata quella che ha offerto in Coppa di Russia nel 2005. La squadra infatti si fermò in finale battuta dal CSKA Mosca (0-1).
La squadra nel 2006 è stata promossa in Prem'er-Liga, dove ha militato fino al 2009, ottenendo anche un nono posto nel 2007.
Nel 2013 è stata addirittura retrocessa in Pervenstvo Professional'noj Futbol'noj Ligi (la serie C russa), dove è rimasta fino al 2016, quando è stata promossa nuovamente in PFN Ligi.
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