Il club è nato nel 1996 dalla fusione di due squadre amatoriali della città, il Rodina e il Novator. Entrò di diritto nel campionato dilettantistico russo. Su 150 squadre che ambivano alla promozione solo una poteva essere promossa in terza divisione. Il Chimki riuscì nell'impresa battendo in finale l'Energia Ulyanovsk ai calci di rigore[1].
Il 30 gennaio 1997 il Chimki divenne, così, un club professionistico. Sempre in quell'anno la squadra finì seconda e venne promossa in Vtoroj divizion, la terza divisione del campionato russo, a causa della soppressione della Tret'ja Liga[2].
Il Chimki fu promosso in Pervyj divizion (la seconda serie russa) nel 2000: dopo aver vinto sia proprio Girone Centro[3] ai play-off fu sconfitto nel doppio confronto dal Severstal' Čerepovec[4], che però rinunciò a disputare la categoria superiore, consentendo al Chimki di essere promosso.
Le prestazioni della squadra migliorarono di anno in anno: nel 2005 finì in zona promozione, quarta a soli quattro punti che volevano dire promozione in massima serie[5]; nella stessa stagione infatti arrivò fino alla finale di Coppa battuta dal CSKA Mosca (0-1)[6].
La squadra nel 2006 è stata promossa in Prem'er-Liga, dove ha militato fino al 2009, ottenendo anche un nono posto nel 2007.
Nel 2013 è stata addirittura retrocessa in PPF Ligi (terza serie russa), dove è rimasta fino al 2016, quando è stata promossa nuovamente in PFN Ligi[7]. Nel 2020 vinse l'ultima edizione della Kubok FNL, torneo amichevole riservato alle squadre di seconda serie[8].
Russia
Aleksandr Piskaryov (gen.-mag.)
Pavlo Yakovenko (set.-dic.)
Slavoljub Muslin (feb.-set.)
Omari Tetradze (lug.-ott.)
Vladimir Maminov
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