La gestione dell'infrastruttura e degli impianti ferroviari è affidata a RFI SpA, società del gruppo Ferrovie dello Stato, che qualifica la linea come complementare[1].
La prima tratta, da Alessandria ad Acqui Terme, fu una delle prime realizzate nell'allora Regno di Sardegna. Fu assegnata in concessione ad un gruppo bancario, composto dalle famiglie Bolmida e Barbaroux, grazie al Regio Decreto 11 giugno 1856, n. 1695. La linea fu aperta all'esercizio il 3 gennaio 1858[2].
Il completamento della ferrovia avvenne con l'obiettivo di congiungere il porto di Savona, città raggiunta nel 1868 dalla Genova – Ventimiglia, all'interno piemontese. Si vollero seguire due direttrici, verso Torino e verso Alessandria, che si sarebbero diramate all'altezza di San Giuseppe di Cairo. Esse si sarebbero connesse a ferrovie già esistenti e dirette alle due città piemontesi, rispettivamente nei pressi di Bra, connessa a sua volta alla linea Torino-Cuneo tramite la linea per Cavallermaggiore, e verso Acqui Terme.
Il 28 settembre 1874 fu aperta quindi la tratta tra San Giuseppe di Cairo e Acqui Terme[2].
La linea fu elettrificata in trifase nei primi decenni del XX secolo e fu l'ultima ad essere convertita all'alimentazione in continua con tensione da 3000 volt il 25 maggio 1976[3].
^RFI - Rete in esercizio (PDF), su site.rfi.it. URL consultato il 26 gennaio 2009 (archiviato dall'url originale il 22 luglio 2011).
^abSviluppo delle ferrovie italiane dal 1839 al 31 dicembre 1926, Roma, Ufficio Centrale di Statistica delle Ferrovie dello Stato, 1927. Vedi Alessandro Tuzza, Trenidicarta.it, 1997-2007. URL consultato il 19 gennaio 2010.