Nella stagione 1988-1989 la Triestina appena retrocessa disputa il girone A del campionato di Serie C1, ottiene 44 punti con il secondo posto, e ritorna subito in Serie B, a braccio della Reggiana, che con 46 punti ha vinto il campionato. Allenata da Marino Lombardo la squadra alabardata raccoglie 21 punti nel girone di andata chiuso al quarto posto, e 23 punti nel girone di ritorno. Con 11 reti il miglior marcatore dei giuliani è stato Roberto Simonetta, dei quali 9 in campionato e 2 in Coppa Italia. Nella Coppa Italia nazionale la Triestina disputa il Secondo Girone di qualificazione, ottiene una sola vittoria (1-0) con il Cesena, nel girone che qualifica alla seconda fase Torino, Udinese e Cesena. Nella Coppa Italia di Serie C la squadra biancorossa entra in gioco nei sedicesimi, eliminando il Giorgione, negli ottavi di finale elimina il L.R. Vicenza, nei quarti di finale cede nel doppio confronto alla Spal.
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