Deputato dal 1885, Deschanel fu Presidente della Camera dal 1898 al 1902, e nuovamente dal 1912 al 1920. Il 17 gennaio 1920, vinte le elezioni presidenziali, la maggioranza moderata (detta Blocco Nazionale) lo scelse come Presidente della Repubblica, preferendolo a Clemenceau, ma dovette dimettersi già il 21 settembre successivo per motivi di salute, probabilmente una malattia mentale: nei sette mesi della sua presidenza fu protagonista di alcuni episodi imbarazzanti come ricevere ambasciatori nudo con indosso il solo cordone di cavaliere della Legion d'Onore[1].
Durante la sua presidenza, accadde uno spiacevole episodio: il 24 maggio 1920, Deschanel dovette recarsi a Montbrison per l'inaugurazione di una statua dedicata ad un eroe francese della Grande Guerra. Tuttavia il treno arrivò in ritardo a destinazione e per giunta senza il presidente francese a bordo, poiché Deschanel era caduto dallo scompartimento presidenziale (probabilmente per un portellone laterale rimasto aperto) del treno diretto a Montbrison: iniziò a vagare di notte per cercare aiuto, e lo trovò in un ferroviere, che lo portò nella propria casa, ma all'iniziò scambiò il Presidente per un barbone, anche se poi la moglie del ferroviere notò che aveva i piedi puliti, e quindi difficilmente poteva essere un clochard. Venne poi ritrovato dalla polizia e riportato al sicuro. Membro dal 1899 dell'Académie française, ha lasciato parecchie opere, tra cui: La question du Tonkin (1883) e La question sociale (1898).
Morì il 28 aprile 1922, a 67 anni, per una grave malattia.
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