Nel 1999 prende parte, in qualità di wild card, al Gran Premio d'Austria nell'edizione inaugurale del campionato europeo Superstock 1000 con una Kawasaki ZX-9R del team Rosner. In questa circostanza sigla, all'esordio, l'hat trick ossia vince la gara (con un margine di oltre venti secondi sul più prossimo degli inseguitori) facendo siglare il giro più veloce dopo essere partito dalla pole position.[1] In base al regolamento vigente solo in questa annata, che prevede l'assegnazione di punti extra ai primi tre classificati in qualifica, Bauer ottiene trenta punti che gli consentono di classificarsi al tredicesimo posto.[1] Nel 2000, con lo stesso team, prende parte a cinque delle nove gare previste nella Superstock 1000, il miglior risultato è il quinto posto a Brands Hatch. Chiude la stagione al sedicesimo posto con 32 punti.[2]
^Martin Bauer si prepara al debutto storico, su motogp.com, Dorna Sports S.L., 22 agosto 2013. URL consultato il 27 gennaio 2023 (archiviato dall'url originale il 26 gennaio 2023).
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