Nella stagione 2016 il FK Žalgiris ha disputato la A Lyga, massima serie del campionato lituano di calcio, terminando il torneo al primo posto con 76 punti conquistati in 33 giornate, frutto di 24 vittorie, 4 pareggi e 5 sconfitte, vincendo il campionato per la settima volta, la quarta consecutiva. Grazie a questo successo si è qualificato alla UEFA Champions League 2017-2018. All'inizio della stagione ha vinto la LFF Supertaurė, battendo in finale il Trakai dopo i tempi supplementari. Nella primavera 2016 ha disputato le semifinali della Lietuvos Taurė 2015-2016, battendo lo Stumbras ed accedendo alla finale del torneo. In finale ha affrontato e sconfitto il Trakai dopo i tempi supplementari, conquistando la coppa nazionale per la decima volta nella sua storia, la quinta consecutiva. Nell'autunno 2016 è sceso in campo a partire dal terzo turno della Lietuvos Taurė 2016, raggiungendo la finale del torneo dove ha sconfitto il Sūduva, conquistando così la coppa per la sesta volta consecutiva[1]. Sempre nell'autunno 2016 ha partecipato alla UEFA Champions League, venendo subito eliminato al secondo turno preliminare dai kazaki dell'Astana.