Foldit

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Foldit è un videogioco sperimentale riguardante il ripiegamento proteico e la progettazione di nuove proteine, sviluppato all'Università di Washington tramite la collaborazione fra il dipartimento di Scienza e Ingegneria informatiche e il dipartimento di Biochimica (molte delle stesse persone hanno creato il progetto Rosetta@home). La prima versione beta pubblica del programma è stata distribuita nel maggio del 2008, mentre nuove versioni vengono distribuite regolarmente grazie anche al feedback degli stessi utenti.

Foldit prevede una serie di tutorial in cui l'utente “manipola” semplici proteine, ma periodicamente vengono rilasciati dei puzzle (proteine da progettare o di cui bisogna trovare la reale struttura tridimensionale), in modo da aiutare i ricercatori nella ricerca contro importanti malattie. L'applicazione visualizza una rappresentazione grafica della struttura della proteina, che l'utente può manipolare con l'aiuto di un insieme di strumenti, al fine di trovare una struttura a più bassa energia (più probabile). Quando l'utente partecipa a un puzzle, il programma calcola un punteggio, basato su come è stata ripiegata la proteina o su quanto efficace è la proteina progettata. Questi punteggi permettono di realizzare una classifica per ogni puzzle e una classifica globale degli utenti. Gli utenti di Foldit possono creare dei gruppi e condividere le “soluzioni” dei puzzle.

Il processo tramite il quale le cellule generano la struttura primaria delle proteine tramite la biosintesi è ormai sufficientemente noto, come sufficientemente noto è il meccanismo con cui le proteine sono codificate dal DNA. Invece, prevedere come la struttura primaria di una proteina si trasformi in una struttura tridimensionale funzionale è molto più difficile: i principi energetici che regolano il ripiegamento sono noti, ma la previsione della struttura di una proteina richiede un'enorme potenza di calcolo. Unendo le capacità intuitive del cervello umano alla potenza di calcolo dei computer, i ricercatori che hanno sviluppato Foldit sperano di migliorare la qualità delle previsioni.

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