Nella stagione 2016-2017 il FK Dnipro ha disputato la Prem'er-Liha, massima serie del campionato ucraino di calcio, terminando la stagione all'undicesimo posto con 13 punti conquistati in 31 giornate, frutto di 8 vittorie, 13 pareggi e 11 sconfitte, venendo retrocesso in Druha Liha, terza serie nazionale. Dopo essere stato escluso dalla partecipazione alla UEFA Europa League 2016-2017, al Dnipro venne vietato l'acquisto di calciatori che non fossero svincolati, a causa di debiti nei confronti dello staff di Juande Ramos[1]. Per la stessa ragione il 26 ottobre 2016 venne penalizzato di sei punti[2]. Il Dnipro aveva iniziato il campionato con sei punti di penalizzazione per debiti nei confronti del calciatore Danilo[3]. Nell'aprile 2017 venne penalizzato di altri tre punti dalla federazione ucraina[4]. Il 9 giugno 2017, a campionato concluso e con il Dnipro retrocesso in Perša Liha, arrivò un'ulteriore penalizzazione di nove punti, raggiungendo 24 punti di penalizzazione complessivi[5]. Successivamente, su indicazione della FIFA, la federazione ucraina retrocedette il Dnipro direttamente in Druha Liha[6].
Nella Coppa d'Ucraina è sceso in campo a partire dagli ottavi di finale: dopo aver eliminato prima il Desna Černihiv e poi il Vorskla, ha raggiunto le semifinali dove è stato eliminato dallo Šachtar.