Fondato nel 1932, prende il nome e i colori sociali dal vecchio River Plate Football Club, uno dei più titolati club uruguaiani dell'epoca amatoriale (vincitore di 4 titoli nazionali), sciolto nel 1929. Ciononostante il nuovo River Plate non dev'essere considerato una società derivata da quello vecchio, essendo nato, al contrario, dalla fusione tra l'Olimpia Football Club e il Club Atlético Capurro.
Il River Plate ha vinto il campionato di seconda divisione 6 volte, primato nazionale condiviso con il Sud América.