Hájek inizia la sua carriera da professionista nel 2000. In quell'anno vince anche il suo primo titolo Futures della carriera a Negril, in Giamaica, battendo Johan Örtegren in finale.
Dal 2000 al 2003 il ceco disputa prevalentemente tornei del circuito Futures ed alcuni tornei Challenger.
Nel 2006 Hájek fa un grandissimo balzo in classifica guadagnando più di 250 posizioni. Infatti, dopo aver iniziato la stagione al nr. 352 del ranking la termina al nr. 76 (best ranking della carriera a novembre al nr. 71). Il 26 marzo 2006 arriva anche la prima affermazione in un torneo Challenger, a Barletta, dopo aver battuto in due set l'italiano Stefano Galvani.